Γιατί το ένζυμο ενζύμου ενζονουκλεάσης DNA μεταξύ 5 και 3;

Αυτή είναι μια μεγάλη ερώτηση! Οι ενδονουκλεάσες δεν κόβουν πραγματικά το DNA "μεταξύ των" 5 "και 3" άκρων. Κόβουν μέσα στον ίδιο τον κλώνο DNA και η δραστηριότητά τους καθορίζεται από την ακολουθία των βάσεων που αναγνωρίζουν. Εδώ είναι γιατί:

* Δομή DNA: Το DNA είναι μια διπλή έλικα που αποτελείται από δύο αντιπαράλληλα σκέλη. Ένα σκέλος τρέχει 5 'έως 3', και το άλλο τρέχει 3 'έως 5'.

* Στόχοι των ενδονουκλεάσων: Οι ενδονουκλεάσες είναι ένζυμα που σπάζουν τους δεσμούς φωσφοδιεστέρα μέσα σε ένα κλώνο DNA. Έχουν συγκεκριμένες τοποθεσίες αναγνώρισης, οι οποίες είναι σύντομες ακολουθίες βάσεων.

* Ειδικότητα κοπής: Μια ενδονουκλεάση θα κόψει μόνο στο σημείο αναγνώρισης της, ανεξάρτητα από τη συνολική κατευθυντικότητα 5 έως 3 'του κλώνου DNA.

Εδώ είναι ένα απλοποιημένο παράδειγμα:

Φανταστείτε ότι μια ενδονουκλεάση αναγνωρίζει την ακολουθία "Gaattc". Θα κόψει σε αυτή την ακολουθία, ανεξάρτητα από το αν ο κλώνος που ενεργεί είναι το κλώνο 5 'έως 3' ή 3 έως 5 '.

Συνοπτικά: Οι ενδονουκλεάσες δεν κόβουν "μεταξύ των" 5 'και 3' άκρων του μορίου DNA. Κόβουν * μέσα * το σκέλος σε συγκεκριμένες ακολουθίες που αναγνωρίζουν. Η δράση τους υπαγορεύεται από την ακολουθία βάσης και όχι από την κατεύθυνση του κλώνου DNA.