Γιατί κάποιο οργανισμό δεν μπορεί να δει σαφώς χρησιμοποιώντας μικροσκόπιο φωτός;
Επιπλέον, η αντίθεση ενός αντικειμένου πρέπει να είναι αρκετά υψηλή για να δει κανείς με μικροσκόπιο φωτός. Αυτό σημαίνει ότι το αντικείμενο πρέπει να είναι σημαντικά διαφορετικό στη φωτεινότητα ή το χρώμα από το περιβάλλον του. Πολλά οργανίδια δεν είναι πολύ αντίθετα, όπως τα μιτοχόνδρια, τα οποία είναι συχνά παρόμοια στο χρώμα με το κυτταρόπλασμα.
Τέλος, το πάχος ενός αντικειμένου μπορεί επίσης να επηρεάσει την ορατότητά του κάτω από ένα μικροσκόπιο φωτός. Τα αντικείμενα που είναι πάρα πολύ παχιά μπορούν να απορροφήσουν ή να διασκορπιστούν πάρα πολύ φως, καθιστώντας δύσκολο να δουν. Πολλά οργανίδια είναι πολύ λεπτά, όπως το ενδοπλασματικό δίκτυο, το οποίο έχει μόνο λίγα νανόμετρα πάχους.
Για όλους αυτούς τους λόγους, ορισμένα οργανίδια δεν μπορούν να θεωρηθούν σαφώς χρησιμοποιώντας ένα μικροσκόπιο φωτός. Ωστόσο, υπάρχουν και άλλες τεχνικές που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την απεικόνιση αυτών των οργανιδίων, όπως η ηλεκτρονική μικροσκοπία και η μικροσκοπία φθορισμού.