Διαφορά μεταξύ επιλέξιμου δείκτη και γονιδίου αναφοράς

Η κύρια διαφορά μεταξύ επιλέξιμου δείκτη και γονιδίου αναφοράς είναι ότι ο επιλέξιμος δείκτης χρησιμοποιείται για τη διάκριση μεταξύ μετασχηματιστών και μη μετασχηματιστών, ενώ το γονίδιο αναφοράς χρησιμοποιείται για τη μέτρηση του επιπέδου έκφρασης του μετασχηματισμένου γονιδίου . Επιπλέον, το γονίδιο επιλέξιμου δείκτη έχει τον δικό του προαγωγέα ενώ η έκφραση του γονιδίου αναφοράς ρυθμίζεται από τον προαγωγέα του μετασχηματισμένου γονιδίου.

Το επιλεγόμενο γονίδιο παρασκευαστή και το γονίδιο αναφοράς είναι δύο τύποι γονιδίων που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση μετασχηματιστών στις μελέτες που παράγουν διαγονιδιακούς οργανισμούς.

Βασικές περιοχές που καλύπτονται

1. Τι είναι ένας επιλέξιμος δείκτης
     – Ορισμός, Σκοπός, Παραδείγματα
2. Τι είναι το γονίδιο αναφοράς
     – Ορισμός, Σκοπός, Παραδείγματα
3. Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ του επιλέξιμου δείκτη και του γονιδίου αναφοράς
     – Περίγραμμα κοινών χαρακτηριστικών
4. Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του επιλέξιμου δείκτη και του γονιδίου αναφοράς
     – Σύγκριση βασικών διαφορών

Βασικοί όροι

Ανάλυση γονιδιακής έκφρασης, γονίδιο ενδιαφέροντος, γονίδιο αναφοράς, επιλέξιμος δείκτης, μετασχηματιστές

Τι είναι ένας επιλέξιμος δείκτης

Ο επιλέξιμος δείκτης είναι ένας τύπος γονιδίων δεικτών που βρίσκονται γενικά στο πλασμίδιο. Μετασχηματίζεται στο κύτταρο ξενιστή με τη βοήθεια του πλασμιδίου. Οι μετασχηματιστές που περιέχουν τον επιλέξιμο δείκτη μπορούν να αναπτυχθούν στο αντίστοιχο επιλέξιμο μέσο. Όμως, τα μη μετασχηματισμένα, τα οποία δεν διαθέτουν τον επιλέξιμο δείκτη, δεν μπορούν να αναπτυχθούν σε αυτό το επιλέξιμο μέσο. Αυτό σημαίνει ότι το γονιδιακό προϊόν του επιλέξιμου δείκτη γίνεται ο παράγοντας επιλογής για την επιβίωση.

Οι τρεις ομάδες επιλέξιμων δεικτών είναι γονίδια ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά, γονίδια δεικτών αντιμεταβολιτών και γονίδια αντοχής στα ζιζανιοκτόνα. Οι πιο ευρέως χρησιμοποιούμενοι επιλέξιμοι δείκτες είναι τα γονίδια ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά. Ως εκ τούτου, μόνο οι μετασχηματιστές μπορούν να αναπτυχθούν στο μέσο, ​​το οποίο περιέχει το αντίστοιχο αντιβιοτικό.

Επιλέξιμος δείκτης 

Εικόνα 1:Ο ρόλος των ανθεκτικών στα αντιβιοτικά γονιδίων στη μοριακή κλωνοποίηση

Ωστόσο, όλοι οι μετασχηματιστές ενδέχεται να μην περιέχουν το γονίδιο ενδιαφέροντος. Ορισμένοι μετασχηματιστές μπορεί να έχουν μόνο το διάνυσμα με τον επιλέξιμο δείκτη. Η ανάλυση αλληλουχίας ή γονιδιακής έκφρασης επιτρέπει μόνο την ανίχνευση ανασυνδυασμένων που έχουν το γονίδιο ενδιαφέροντος.

Τι είναι το γονίδιο αναφοράς

Το γονίδιο αναφοράς είναι ένας τύπος γονιδίων δεικτών που χρησιμοποιούνται για την ποσοτικοποίηση της γονιδιακής έκφρασης. Συντήκονται με τη ρυθμιστική αλληλουχία του γονιδίου ενδιαφέροντος. Εκτός από την ανάλυση της έκφρασης του γονιδίου ενδιαφέροντος, τα γονίδια αναφοράς επιτρέπουν τη μελέτη της λειτουργίας των γονιδιακών ρυθμιστικών στοιχείων και της επίδρασης των παραγόντων μεταγραφής στη γονιδιακή έκφραση. Επίσης, τα γονίδια ανταποκριτές είναι ζωτικής σημασίας για την ταυτοποίηση της γονιδιακής έκφρασης του συγκεκριμένου ιστού ή του μονοπατιού.

Εικόνα 2:Ο ρόλος του γονιδίου αναφοράς

Η πράσινη φθορίζουσα πρωτεΐνη (GFP) και η λουσιφεράση είναι ο πιο κοινός τύπος γονιδίων αναφοράς. Η GFP είναι μια λαμπερή πρωτεΐνη κάτω από το υπεριώδες φως. Η παρουσία άλλων φθοριζουσών πρωτεϊνών όπως οι κόκκινες και οι κίτρινες φθορίζουσες πρωτεΐνες επιτρέπουν την ταυτοποίηση διαφορετικών πρωτεϊνών στο ίδιο σύστημα. Η λουσιφεράση είναι ένα ένζυμο που καταλύει την παραγωγή κιτρινοπράσινου ή μπλε φωτός από το υπόστρωμα λουσιφερίνη.

Similarities Between Selectable Marker and Reporter Gene

• Ο επιλέξιμος δείκτης και το γονίδιο αναφοράς είναι δύο τύποι γονιδίων δεικτών που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση μετασχηματιστών.
• Μετατρέπονται στον οργανισμό ξενιστή μαζί με το γονίδιο ενδιαφέροντος.
• Και οι δύο τύποι γονιδίων αναφοράς δεν υπάρχουν στο κύτταρο ξενιστή υπό κανονικές συνθήκες. Ως εκ τούτου, είναι ξένα προς το κύτταρο ξενιστή.

Διαφορά μεταξύ επιλέξιμου δείκτη και γονιδίου αναφοράς

Ορισμός

Ο επιλέξιμος δείκτης αναφέρεται σε ένα γονίδιο του οποίου η έκφραση επιτρέπει σε κάποιον να αναγνωρίσει κύτταρα που έχουν μετασχηματιστεί ή επιμολυνθεί με φορέα που περιέχει το γονίδιο δείκτη ενώ το γονίδιο αναφοράς αναφέρεται σε ένα γονίδιο που χρησιμοποιείται για «επισημάνετε» ένα άλλο γονίδιο ή αλληλουχία DNA που σας ενδιαφέρει, όπως ένας προαγωγέας.

Σημασία

Ο επιλέξιμος δείκτης βοηθά στη διάκριση μεταξύ μετασχηματιστών και μη μετασχηματιστών, ενώ το γονίδιο αναφοράς βοηθά στη μέτρηση της ποσότητας έκφρασης του μετασχηματισμένου γονιδίου.

Υποστηρικτής

Ο επιλέξιμος δείκτης έχει τον δικό του προαγωγέα ενώ το γονίδιο αναφοράς ρυθμίζεται κάτω από τον προαγωγέα του μετασχηματισμένου γονιδίου.

Τοποθεσία

Ο επιλεγόμενος παράγοντας μπορεί να βρίσκεται στο πλασμίδιο ή μέσα στο κατασκεύασμα του γονιδίου, ενώ το γονίδιο αναφοράς βρίσκεται μεταξύ του προαγωγέα και του γονιδίου ενδιαφέροντος.

Αποτέλεσμα

Τα μετασχηματισμένα κύτταρα με τον επιλέξιμο παράγοντα δημιουργίας μπορούν να αναπτυχθούν στο επιλέξιμο μέσο, ​​αλλά το μη μετασχηματισμένο δεν μπορεί να αναπτυχθεί καθώς δεν έχει τον επιλέξιμο δείκτη, ενώ η ποσότητα του προϊόντος γονιδίου στο γονίδιο αναφοράς εξαρτάται από την ποσότητα των επιτυχώς μετασχηματισμένων γονιδίων ενδιαφέροντος.

Παραδείγματα

Τα γονίδια ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά, τα γονίδια δεικτών αντιμεταβολιτών και τα γονίδια αντοχής στα ζιζανιοκτόνα είναι οι τύποι επιλέξιμων δεικτών, ενώ το GFP και η Λουσιφεράση είναι μερικά γονίδια αναφοράς.

Συμπέρασμα

Οι επιλέξιμοι δείκτες είναι τα γονίδια δεικτών που χρησιμοποιούνται για τη διαλογή μετασχηματιστών στο αντίστοιχο επιλέξιμο μέσο, ​​ενώ τα γονίδια αναφοράς είναι γονίδια δείκτη για τη μέτρηση της ποσότητας έκφρασης. Η κύρια διαφορά μεταξύ των γονιδίων του επιλέξιμου δείκτη και των γονιδίων αναφοράς είναι ο τύπος διαλογής.

Αναφορά:

1. Jha, Nandkishor. «Επιλέξιμα γονίδια δεικτών και γονίδια αναφοράς». Biology Discussion, 16 Οκτωβρίου 2015, Διαθέσιμο εδώ
2. «Δοκιμασίες γονιδίων Reporter». Thermo Fisher Scientific, Thermo Fisher Scientific, Διαθέσιμο εδώ

Εικόνα Ευγενική προσφορά:

1. «Βήματα μοριακής κλωνοποίησης» του Alexpicardal97 – Δική του εργασία (CC BY-SA 4.0) μέσω του Commons Wikimedia 
2. "Γονίδιο αναφοράς" Από το TransControl στο en.wikipedia (CC BY-SA 3.0) μέσω του Commons Wikimedia