Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του SYBR Green και του Taqman

Η κύρια διαφορά μεταξύ STBR Green και Taqman είναι ότι Το πράσινο SYBR είναι μια χρωστική που δεσμεύει dsDNA που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση προϊόντων PCR που συσσωρεύονται κατά την αντίδραση PCR ενώ Taqman Το  είναι  φθορογόνο  ανιχνευτής ειδικός για ένα γονίδιο στόχο, ο οποίος συσσωρεύεται κατά τη διάρκεια της PCR. Επιπλέον, το SYBR Green έχει μεσαία ειδικότητα ενώ το Taqman έχει υψηλή ειδικότητα. Επιπλέον, η αναπαραγωγιμότητα του SYBR Green είναι επίσης μέτρια, ενώ η αναπαραγωγιμότητα του Taqman είναι υψηλή.

Το SYBR Green και το Taqman είναι δύο χημικές ουσίες που χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση προϊόντων PCR σε διαδικασίες PCR σε πραγματικό χρόνο.

Βασικές περιοχές που καλύπτονται 

1. Τι είναι το SYBR Green
     – Ορισμός, Χημεία, Σημασία
2. Τι είναι το Taqman
     – Ορισμός, Χημεία, Σημασία
3. Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ του SYBR Green και του Taqman
     – Περίληψη κοινών χαρακτηριστικών
4. Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του SYBR Green και του Taqman
     – Σύγκριση βασικών διαφορών

Βασικοί όροι 

Ανίχνευση προϊόντος, PCR σε πραγματικό χρόνο, SYBR Green, Taqman Probes

Τι είναι το Πράσινο SYBR 

Το SYBR Green είναι μια χρωστική που δεσμεύει το dsDNA που χρησιμοποιείται για τη χρώση DNA και RNA στη μοριακή βιολογία. Γενικά, χρησιμοποιείται επίσης για την ανίχνευση προϊόντων PCR σε πραγματικό χρόνο. Κατά τη διάρκεια της προόδου της PCR, το πράσινο SYBR συνδέεται με κάθε νέο ενισχυόμενο προϊόν PCR. Επομένως, στο τέλος της PCR, η ποσότητα των προϊόντων που σχηματίζονται είναι ανάλογη με την ένταση φθορισμού του δείγματος.

Εικόνα 1:SYBR Green Chemistry

Επιπλέον, το κύριο πλεονέκτημα του SYBR Green είναι ότι επιτρέπει την παρακολούθηση της ενίσχυσης οποιασδήποτε δίκλωνης αλληλουχίας DNA. Ωστόσο, αυτό, από την άλλη πλευρά, μειώνει την ειδικότητα της ανάλυσης δημιουργώντας ψευδώς θετικά σήματα. Μειώνει το κόστος της ανάλυσης εξαλείφοντας τη χρήση ανιχνευτή. Επιπλέον, η χρήση του SYBR Green είναι τεχνικά μια εύκολη διαδικασία. Εν τω μεταξύ, η σύνδεση πολλαπλών χρωστικών σε ένα μόνο προϊόν PCR αυξάνει την ευαισθησία της ανίχνευσης.

Τι είναι το Taqman 

Το Taqman είναι ένας ανιχνευτής, ο οποίος είναι επισημασμένος με φθορισμό και συνδέεται συγκεκριμένα με ένα προϊόν PCR στόχου στην PCR πραγματικού χρόνου. Επομένως, είναι απαραίτητο να σχεδιαστεί ένας ειδικός ανιχνευτής για την ανίχνευση μιας συγκεκριμένης ανάλυσης PCR. Έτσι, το κύριο πλεονέκτημα των ανιχνευτών Taqman είναι ο ειδικός-στόχος υβριδισμός τους. Επιπλέον, η χρήση ανιχνευτών που έχουν επισημανθεί με διαφορετικές, διακριτές βαφές αναφοράς επιτρέπει την ανίχνευση δύο διακριτών αλληλουχιών σε έναν σωλήνα αντίδρασης.

Εικόνα 2:Taqman Probe Chemistry

Γενικά, οι ανιχνευτές Taqman είναι ολιγονουκλεοτιδικοί ανιχνευτές με μια φθορίζουσα χρωστική αναφοράς στο άκρο 5′ και μια βαφή απόσβεσης στο άκρο 3′. Όταν ο ανιχνευτής είναι άθικτος, η εγγύτητα της βαφής απόσβεσης μειώνει σημαντικά τον φθορισμό που εκπέμπεται από τη βαφή αναφοράς από τη μεταφορά ενέργειας συντονισμού φθορισμού (FRET). Ωστόσο, όταν ο ανιχνευτής ανόπτεται στην αλληλουχία στόχο προς τα κάτω από μία από τις θέσεις εκκινητών, η δραστηριότητα νουκλεάσης 5′ του Taq Η DNA πολυμεράση διασπά το άκρο 5' του ανιχνευτή κατά την επέκταση του εκκινητή. Ως εκ τούτου, αυτό διαχωρίζει τη βαφή αναφοράς από τη βαφή σβέσης, αυξάνοντας το σήμα της βαφής αναφοράς.

Ομοιότητες μεταξύ SYBR Green και Taqman 

• SYBR Green και Taqman είναι δύο χημικές ενώσεις την ανίχνευση προϊόντων PCR σε PCR πραγματικού χρόνου.
• Και τα δύο συνδέονται με το προϊόν PCR σε σε πραγματικό χρόνο.
• Επιπλέον, βοηθούν στον ποσοτικό προσδιορισμό της PCR προϊόν σε κάθε κύκλο PCR.
• Είναι σημαντικά για την ανάλυση γονιδιακής έκφρασης, Ποσοτικοποίηση DNA, ChiP (ανοσοκαθίζηση χρωματίνης) κ.λπ. 

Διαφορά μεταξύ SYBR Green και Taqman 

Ορισμός 

Το

Το SYBR Green αναφέρεται σε μια ασύμμετρη χρωστική κυανίνης που χρησιμοποιείται ως χρώση νουκλεϊκού οξέος στη μοριακή βιολογία ενώ το Taqman αναφέρεται στους ανιχνευτές, οι οποίοι έχουν σχεδιαστεί για να αυξάνουν την ειδικότητα της ποσοτικής PCR.

Σημασία 

Επιπλέον, το πράσινο SYBR είναι μια χρωστική δέσμευσης dsDNA που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση προϊόντων PCR που συσσωρεύονται κατά την αντίδραση PCR, ενώ το Taqman είναι ένας φθορογόνος ανιχνευτής ειδικός για ένα γονίδιο στόχο, το οποίο συσσωρεύεται κατά τη διάρκεια της PCR. Έτσι, αυτή είναι η κύρια διαφορά μεταξύ SYBR Green και Taqman.

Τύπος ανίχνευσης 

Επίσης, ενώ το SYBR Green μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανίχνευση οποιουδήποτε προϊόντος PCR σε πραγματικό χρόνο χωρίς εξειδίκευση αλληλουχίας, οι ανιχνευτές Taqman ανιχνεύουν προϊόντα PCR μόνο με τρόπο συγκεκριμένο για την αλληλουχία.

Σχεδίαση 

Το SYBR Green δεν χρειάζεται να προσχεδιάσει, ενώ το Taqman πρέπει να είναι προσχεδιασμένο για την ανίχνευση ενός συγκεκριμένου προϊόντος PCR.

Βελτιστοποίηση 

Επιπλέον, το SYBR Green πρέπει να βελτιστοποιηθεί για μια συγκεκριμένη PCR σε πραγματικό χρόνο, ενώ το Taqman δεν χρειάζεται να βελτιστοποιηθεί.

Ειδικότητα 

Μια άλλη διαφορά μεταξύ του SYBR Green και του Taqman είναι ότι το SYBR Green έχει μεσαία ειδικότητα ενώ το Taqman έχει υψηλή ειδικότητα.

Ευαισθησία 

Η ευαισθησία του SYBR Green είναι μεταβλητή ενώ η ευαισθησία του Taqman είναι έως και 1-10 αντίγραφα.

Αναστολή PCR 

Το SYBR Green μπορεί να αναστείλει την αντίδραση PCR σε κάποιο βαθμό, ενώ το Taqman δεν αναστέλλει την αντίδραση PCR.

Αναπαραγωγιμότητα  

Η αναπαραγωγιμότητα του SYBR Green είναι επίσης μέτρια, ενώ η αναπαραγωγιμότητα του Taqman είναι υψηλή.

Πολλαπλή

Εξάλλου, το SYBR Green δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε πολυπλεξία, ενώ το Taqman επιτρέπει την ανίχνευση πολλαπλών προϊόντων PCR στο ίδιο δείγμα.

Εφαρμογές 

Το SYBR Green είναι σημαντικό για την ανάλυση γονιδιακής έκφρασης, τον ποσοτικό προσδιορισμό του DNA για την ανίχνευση παθογόνων κ.λπ., ενώ το Taqman είναι σημαντικό για τον προσδιορισμό του γονότυπου SNP, την ανίχνευση παραλλαγής αριθμού αντιγράφων όπως σε μεταλλάξεις, ανάλυση πρωτεϊνών , κ.λπ. 

Συμπέρασμα 

Συνοπτικά, το SYBR Green είναι μια χρωστική ουσία δέσμευσης dsDNA που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση προϊόντων PCR σε PCR πραγματικού χρόνου. Γενικά, δεσμεύεται σε όλα τα προϊόντα PCR στο δείγμα με μη ειδικό τρόπο. Επομένως, η ιδιαιτερότητά του είναι μέτρια. Από την άλλη πλευρά, το Taqman είναι ένας ανιχνευτής επισημασμένος με φθορισμό, ο οποίος συνδέεται ειδικά με ένα συγκεκριμένο προϊόν PCR στο δείγμα. Επομένως, αυτοί οι ανιχνευτές ποικίλλουν ανάλογα με τον τύπο του δείγματος. Επιπλέον, αυτό προσδίδει υψηλή εξειδίκευση στον προσδιορισμό. Επομένως, η κύρια διαφορά μεταξύ του SYBR Green και του Taqman είναι οι χημείες και τα πλεονεκτήματά τους.

Αναφορές:

1. "TaqMan vs SYBR Chemistry." Thermo Fisher Scientific , Thermo Fisher Scientific – ΗΠΑ, Διαθέσιμο εδώ.

Εικόνα Ευγενική προσφορά:

1. "PCR με πράσινο SYBR" Από –Ygonaar 23:09, 7 Μαρτίου 2006 (UTC) – Είναι ένα γράφημα που δημιουργήθηκε από τον Ygonaar με Powerpoint (CC BY-SA 3.0) μέσω του Commons Wikimedia   
2. "Taqman" Από χρήστη:Braindamaged – Έργο δικό του από τον αρχικό χρήστη (Δημόσιος Τομέας) μέσω του Commons Wikimedia