Το σύγχρονο ανθρώπινο DNA περιέχει κομμάτια από όλο το γονιδίωμα του Νεάντερταλ, εκτός από το χρωμόσωμα Υ. Τι συνέβη;
1. Γενετικές διαφορές :Το χρωμόσωμα Y είναι μοναδικό για τα αρσενικά και περιέχει γονίδια που είναι κυρίως υπεύθυνα για τον προσδιορισμό και την ανάπτυξη του αρσενικού φύλου. Το χρωμόσωμα Neanderthal y φέρει ένα σύνολο γονιδίων που είναι διαφορετικά από αυτά που βρίσκονται στους σύγχρονους ανθρώπους.
2. Ενδιάμεση και αναπαραγωγική επιτυχία :Όταν οι σύγχρονοι άνθρωποι (homo sapiens) και οι Neanderthals (Homo neanderthalensis) αλληλοσυνδέονται, ήταν κυρίως οι αρσενικοί Neanderthals ζευγαρώνουν με θηλυκά homo sapiens. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα τους απογόνους με το μιτοχονδριακό DNA Neanderthal (κληρονομημένο από τη μητέρα) και ένα συνδυασμό πυρηνικού DNA Neanderthal και Homo sapiens.
3. Γενετική ασυμβατότητα :Φαίνεται ότι το χρωμόσωμα Neanderthal y αντιμετώπισε προκλήσεις στην επιτυχή αναπαραγωγή με θηλυκά Homo sapiens. Το χρωμόσωμα του Νεάντερταλ y μπορεί να έχει μεταφέρει γενετικές παραλλαγές που ήταν ασυμβίβαστες με τις ανθρώπινες αναπαραγωγικές διεργασίες. Αυτή η ασυμβατότητα θα μπορούσε να έχει οδηγήσει σε μειωμένη γονιμότητα ή χαμηλότερες πιθανότητες επιτυχημένων εγκυμοσύνης, οδηγώντας σε χαμηλότερο επιπολασμό των χρωμοσωμάτων των Νεάντερταλ y σε σύγχρονους ανθρώπινους πληθυσμούς.
4. Φυσική επιλογή και προσαρμογές :Πάνω από χιλιάδες χρόνια, η φυσική επιλογή ευνόησε την επιβίωση και την αναπαραγωγή ατόμων με γενετικά χαρακτηριστικά που ταιριάζουν καλύτερα στις συγκεκριμένες περιβαλλοντικές συνθήκες και προκλήσεις που αντιμετωπίζουν οι σύγχρονοι άνθρωποι. Αυτή η διαδικασία θα ευνοούσε τη διατήρηση των ανθρώπινων γενεών χρωμοσωμάτων Υ που ήταν πιο επιτυχημένες από την άποψη της αναπαραγωγικής ικανότητας και της επιβίωσης.
Ως αποτέλεσμα αυτών των παραγόντων, το χρωμόσωμα Neanderthal y έγινε όλο και πιο σπάνιο και τελικά ήταν από τη σύγχρονη ανθρώπινη γονιδιακή πισίνα. Κατά συνέπεια, το σύγχρονο ανθρώπινο DNA δεν περιέχει σημαντικά ίχνη της καταγωγής του Νεάντερταλ στο χρωμόσωμα Υ.