Πώς να αναπτύξετε ένα εξελικτικό δέντρο
Συγκεντρώστε δεδομένα :Συλλέξτε δεδομένα αλληλουχίας DNA ή πρωτεΐνης από μια διαφορετική ομάδα οργανισμών, συμπεριλαμβανομένων των οργανισμών ενδιαφέροντος και ορισμένων εξωτερικών ομάδων για σύγκριση.
Ευθυγράμμιση πολλαπλών ακολουθιών :Ευθυγραμμίστε τις ακολουθίες για να δημιουργήσετε μια ευθυγράμμιση πολλαπλών ακολουθιών. Αυτή η ευθυγράμμιση θα πρέπει να εξετάσει τη σειρά και την ομοιότητα των νουκλεοτιδίων ή των αμινοξέων.
Επιλέξτε μια μέθοδο κατασκευής δέντρων: Επιλέξτε μια φυλογενετική μέθοδο οικοδόμησης δέντρων, όπως μέγιστη πιθανότητα, γείτονα ή Bayesian συμπεράσματα. Κάθε μέθοδος χρησιμοποιεί διαφορετικούς αλγόριθμους και στατιστικές προσεγγίσεις για τον υπολογισμό των εξελικτικών σχέσεων.
Κατασκευάστε το δέντρο :Χρησιμοποιήστε την επιλεγμένη μέθοδο για να κατασκευάσετε το εξελικτικό δέντρο. Η έξοδος θα είναι συνήθως ένα διάγραμμα ή ένα cladogram που αντιπροσωπεύει τα πρότυπα διακλάδωσης και τις εξελικτικές σχέσεις μεταξύ των μελετημένων οργανισμών.
Ανάλυση bootstrap (προαιρετική) :Εκτελέστε bootstrapping για να αξιολογήσετε τη στατιστική υποστήριξη για τα πρότυπα διακλάδωσης στο δέντρο. Η ανάλυση Bootstrap επανειλημμένα επαναμισθώνει τα δεδομένα για τη δημιουργία πολλαπλών δέντρων, παρέχοντας τιμές στατιστικής εμπιστοσύνης (δηλ. Τιμές εκκίνησης) για κάθε κλάδο.
ρίζα το δέντρο :Προσδιορίστε και καθορίστε τη ρίζα του δέντρου. Αυτό είναι συνήθως ένας προγονικός κόμβος ή μια εξωτερική ομάδα που αντιπροσωπεύει τον πιο πρόσφατο κοινό πρόγονο όλων των οργανισμών στο δέντρο.
Ερμηνεύστε το δέντρο :Αναλύστε τα πρότυπα διακλάδωσης και τα μήκη για να συμπεράνετε τις εξελικτικές σχέσεις, τους χρόνους απόκλισης και τους πιθανούς κοινούς προγόνους. Προσδιορίστε τα clades (ομάδες οργανισμών που μοιράζονται έναν κοινό πρόγονο) και την εξελικτική ιστορία των μελετημένων ειδών.
Βελτιώστε το δέντρο (προαιρετικό) :Εάν τα πρόσθετα δεδομένα είναι διαθέσιμα ή χρησιμοποιούνται διαφορετικές παράμετροι, το δέντρο μπορεί να βελτιωθεί ή να ενημερωθεί για να βελτιώσει την ακρίβεια και την επίλυσή του.
