Πώς να βρείτε γονίδια δείκτη σε συστάδες κυττάρων
-Εισαγωγή:Δεδομένα RNA-Seq ενός κυττάρου (Matrix Count)
- Έλεγχος ποιότητας (QC):Αφαιρέστε τα κύτταρα και τα γονίδια χαμηλής ποιότητας
- Κανονικοποίηση δεδομένων:Κανονικοποιήστε τα δεδομένα για να διορθωθούν για τεχνικές προκαταλήψεις
2. Ομαδοποίηση
- Εκτελέστε ομαδοποίηση στα κανονικοποιημένα δεδομένα για τον προσδιορισμό των κυτταρικών συστάδων
- Μπορούν να χρησιμοποιηθούν διαφορετικές μέθοδοι ομαδοποίησης (π.χ. K-Means, ιεραρχική ομαδοποίηση, Louvain)
3. Αναγνώριση γονιδίου δείκτη
- Για κάθε σύμπλεγμα:
- Υπολογίστε τη μέση έκφραση κάθε γονιδίου σε κύτταρα στο σύμπλεγμα
- Συγκρίνετε τη μέση έκφραση των γονιδίων στο σύμπλεγμα σε αυτό σε άλλες συστάδες
- Προσδιορίστε τα γονίδια που εκφράζονται σε μεγάλο βαθμό στο σύμπλεγμα σε σύγκριση με άλλες συστάδες
4. Επικύρωση γονιδίου δείκτη
- Μπορούν να εφαρμοστούν πρόσθετα κριτήρια για την επιλογή γονιδίων δεικτών:
- Αναδιπλούμενη αλλαγή:Εξετάστε τα γονίδια με μια υψηλή μεταβολή της πτυχής μεταξύ του συμπλέγματος και άλλων συστάδων
- Στατιστική σημασία:Χρησιμοποιήστε στατιστικές δοκιμές (π.χ. t-test, δοκιμή Wilcoxon) για να αξιολογήσετε τη σημασία των διαφορών έκφρασης
- Ειδικότητα:Βεβαιωθείτε ότι τα γονίδια των δεικτών εκφράζονται επιλεκτικά στο σύμπλεγμα ενδιαφέροντος
5. Ερμηνεία και απεικόνιση
- Αναλύστε τις λειτουργίες και τις οδούς που σχετίζονται με τα αναγνωρισμένα γονίδια δείκτη
- Δημιουργία χαρτών θερμότητας, ηφαιστείων ή άλλων απεικονίσεων για να παρουσιάσουν τα γονίδια των δεικτών και τα πρότυπα έκφρασής τους
6. Επικύρωση σε ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων (προαιρετικά)
- Για να αυξήσετε την εμπιστοσύνη, επικυρώστε τα αναγνωρισμένα γονίδια δείκτη σε ένα ανεξάρτητο σύνολο δεδομένων, εάν είναι διαθέσιμο.
