Γιατί ένας επιστήμονας θα χρησιμοποιούσε υψηλότερο έναντι χαμηλότερου ποσοστού διαλύματος αγαρόζης κατά την παρασκευή πηκτώματος για να διαχωρίσει το DNA;
υψηλότερο ποσοστό αγαρόζης (π.χ. 1-2%):
* Μικρότερο μέγεθος πόρων: Αυτό επιτρέπει τον καλύτερο διαχωρισμό μικρότερα θραύσματα DNA . Το πήκτωμα δρα σαν κόσκινο, παγιδεύοντας μικρότερα θραύσματα για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα, προκαλώντας τους να μεταναστεύσουν πιο αργά.
* χρησιμοποιείται για:
* Ανάλυση θραυσμάτων DNA μικρότερα από 1000 ζεύγη βάσεων (BP)
* Διαχωρισμός υψηλής ανάλυσης μικρών θραυσμάτων
* Ανάλυση πολυμορφισμού μήκους θραύσματος περιορισμού (RFLP)
χαμηλότερο ποσοστό αγαρόζης (π.χ., 0,5-0,8%):
* μεγαλύτερο μέγεθος πόρων: Αυτό επιτρέπει ταχύτερη μετανάστευση μεγαλύτερα θραύσματα DNA .
* χρησιμοποιείται για:
* Διαχωρισμός μεγαλύτερων θραυσμάτων DNA (πάνω από 1000 bp)
* Ανάλυση του γονιδιωματικού DNA
* Ηλεκτροφόρηση πηκτώματος παλμικού πεδίου (PFGE) για πολύ μεγάλα μόρια DNA
Βασικές εκτιμήσεις:
* Μέγεθος θραύσματος: Το μέγεθος των θραυσμάτων DNA που προσπαθείτε να διαχωρίσετε είναι ο πρωταρχικός παράγοντας για τον προσδιορισμό του ποσοστού πηκτής.
* Ανάλυση: Τα υψηλότερα ποσοστά πηκτώματα παρέχουν υψηλότερη ανάλυση για τον διαχωρισμό μικρών θραυσμάτων, ενώ τα χαμηλότερα ποσοστά πηκτώματα είναι καλύτερα για τον διαχωρισμό μεγάλων θραυσμάτων.
* Χρόνος μετανάστευσης: Τα υψηλότερα ποσοστά πηκτώματα επιβραδύνουν τη μετανάστευση, απαιτώντας μεγαλύτερους χρόνους λειτουργίας. Τα χαμηλότερα ποσοστά πηκτώματα επιτρέπουν ταχύτερη μετανάστευση.
Παράδειγμα:
Εάν αναλύετε τα προϊόντα ενός ενζύμου περιορισμού που περιέχει θραύσματα που κυμαίνονται από 500 έως 1000 bp, πιθανότατα θα επιλέξετε 1% πηκτή αγαρόζης. Εάν αναλύσατε το γονιδιωματικό DNA με θραύσματα που κυμαίνονται από 50.000 έως 100.000 bp, θα ήταν καταλληλότερη μια γέλη αγαρόζης 0,7%.
