Γιατί χρειάζεστε μια εξωτερική ομάδα για τη φυλογενετική ανάλυση;
1. Δημιουργία ρίζας του δέντρου:
* Μια εξωτερική ομάδα είναι μια ταξινομική που είναι γνωστό ότι είναι λιγότερο συνδεδεμένη με την ομάδα (τα taxa που μελετήθηκαν) από οποιαδήποτε από τα taxa είναι ο ένας στον άλλο.
* Παρέχει ένα σημείο αναφοράς στον προσδιορισμό της κατεύθυνσης της εξελικτικής αλλαγής .
* Συγκρίνοντας την ομάδα με την εξωτερική ομάδα, μπορούμε να εντοπίσουμε ποια χαρακτηριστικά είναι προγονικά και τα οποία προέρχονται, επιτρέποντάς μας να ριζώσουμε το φυλογενετικό δέντρο.
* Αυτό είναι απαραίτητο για την κατανόηση της εξελικτικής ιστορίας της ομάδας.
2. Αποφυγή λανθασμένων τοπολογιών δέντρων:
* Χωρίς εξωτερική ομάδα, οι φυλογενετικοί αλγόριθμοι μπορεί να παράγουν δέντρα που δεν έχουν ρίζες ή έχουν λανθασμένα πρότυπα διακλάδωσης.
* Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι οι αλγόριθμοι δεν μπορούν να διακρίνουν μεταξύ των προγόνων και των παραγόμενων χαρακτηριστικών χωρίς σημείο αναφοράς.
* Μια εξωτερική ομάδα βοηθά στη μείωση του κινδύνου να παρερμηνεύσει τις εξελικτικές σχέσεις .
3. Ανίχνευση έλξης μεγάλου κλάδου:
* Η έλξη μακράς διαστολής (LBA) είναι ένα φαινόμενο όπου τα ταξινομικά με μακρά εξελικτικά κλάδους (ταχέως εξελισσόμενες γενεές) ομαδοποιούνται λανθασμένα, ακόμη και αν δεν είναι στενά συνδεδεμένα.
* Μια καλή εξωτερική ομάδα μπορεί να βοηθήσει να μειώσει τις πιθανότητες του LBA . Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι η εξωτερική ομάδα παρέχει ένα πρόσθετο σημείο δεδομένων που μπορεί να βοηθήσει στη διάλυση των μεγάλων κλάδων και στην πρόληψη των ψευδών ομάδων.
Συνοπτικά, ενώ είναι τεχνικά δυνατή η εκτέλεση φυλογενετικής ανάλυσης χωρίς εξωτερική ομάδα, μπορεί να οδηγήσει σε ανακριβή αποτελέσματα. Η χρήση μιας κατάλληλης εξωτερικής ομάδας βελτιώνει σημαντικά την ακρίβεια και την ερμηνεία του φυλογενετικού δέντρου.
Σκέψεις για την επιλογή μιας εξωτερικής ομάδας:
* Σχετικότητα: Η εξωτερική ομάδα θα πρέπει να είναι αρκετά στενά συνδεδεμένη ώστε να μοιράζεται ορισμένους ομόλογους χαρακτήρες με την ομάδα, αλλά όχι τόσο στενά συνδεδεμένη ώστε να μην διακρίνεται από την ομάδα.
* Διαθεσιμότητα δεδομένων: Η εξωτερική ομάδα θα πρέπει να έχει επαρκή δεδομένα (μορφολογικά, γενετικά ή άλλα) για να επιτρέψει σημαντικές συγκρίσεις.
* Γνωστή εξελικτική ιστορία: Η εξελικτική ιστορία της εξωτερικής ομάδας πρέπει να είναι εύλογα καλά κατανοητό.
Θυμηθείτε: Δεν υπάρχει "τέλεια" εξωτερική ομάδα. Η επιλογή εξαρτάται από τα συγκεκριμένα taxa που μελετάται και τα διαθέσιμα δεδομένα.
