Ποιος είναι ο προσανατολισμός δύο νουκλεοτιδίων σε σχέση μεταξύ τους;
* Ένα σκέλος τρέχει 5 'έως 3' , δηλαδή η φωσφορική ομάδα είναι προσαρτημένη στον άνθρακα 5 'της ζάχαρης, ενώ η ομάδα υδροξυλίου συνδέεται με τον άνθρακα 3'.
* Το άλλο σκέλος τρέχει 3 έως 5 ' , που σημαίνει ότι η υδροξυλομάδα συνδέεται με τον άνθρακα 5 ', ενώ η ομάδα φωσφορικών είναι προσαρτημένη στον άνθρακα 3'.
Αυτή η αντιπαράλληλη διάταξη είναι ζωτικής σημασίας για το σχηματισμό των δεσμών υδρογόνου μεταξύ συμπληρωματικών ζευγών βάσεων (Α με Τ και C με G), τα οποία συγκρατούν τα δύο σκέλη μαζί. Συμβάλλει επίσης στη σταθερότητα του μορίου DNA.