Γιατί οι δύο αναλύσεις των ίδιων ταξινομικών ταξινομήσεων θα φτάσουν σε διαφορετικές τοπολογίες δέντρων;
1. Χρησιμοποιήθηκαν δεδομένα:
* Διαφορετικοί τύποι δεδομένων: Οι αναλύσεις που χρησιμοποιούν διαφορετικούς τύπους δεδομένων (π.χ. μορφολογία έναντι αλληλουχιών DNA) μπορούν να οδηγήσουν σε διαφορετικές τοπολογίες δέντρων, επειδή διαφορετικοί χαρακτήρες παρέχουν διαφορετικά φυλογενετικά σήματα.
* Διαφορετικά υποσύνολα δεδομένων: Ακόμη και αν χρησιμοποιείται ο ίδιος τύπος δεδομένων, η ανάλυση διαφορετικών υποσυνόλων χαρακτήρων (π.χ. χρησιμοποιώντας μόνο γονίδια κωδικοποίησης πρωτεΐνης αντί για όλα τα γονίδια) μπορεί να οδηγήσει σε διαφορετικά αποτελέσματα.
* Διαφορετική ποιότητα δεδομένων: Τα σφάλματα στα δεδομένα (π.χ. εσφαλμένη αναγνώριση των taxa, σφάλματα αλληλουχίας) μπορούν να επηρεάσουν τα αποτελέσματα.
2. Αναλυτικές μέθοδοι:
* Διαφορετικές φυλογενετικές μέθοδοι: Οι διαφορετικές μέθοδοι κάνουν διαφορετικές υποθέσεις σχετικά με τον τρόπο με τον οποίο εμφανίζεται η εξέλιξη του χαρακτήρα. Για παράδειγμα, η φερεγγυότητα, η μέγιστη πιθανότητα και η Bayesian συμπεράσματα χρησιμοποιούν διαφορετικά κριτήρια βέλτιστης και μπορεί να οδηγήσουν σε διαφορετικές τοπολογίες δέντρων.
* Διαφορετικές παραμέτρους μοντέλου: Ακόμη και μέσα στην ίδια μέθοδο, διαφορετικές παραμέτρους μοντέλου (π.χ. εξελικτικά ποσοστά, μοντέλα υποκατάστασης) μπορούν να επηρεάσουν τα αποτελέσματα.
* Διαφορετικοί αλγόριθμοι αναζήτησης: Οι συγκεκριμένοι αλγόριθμοι που χρησιμοποιούνται για την αναζήτηση του καλύτερου δέντρου μπορούν να επηρεάσουν τα αποτελέσματα. Μερικοί αλγόριθμοι μπορεί να είναι πιο πιθανό να βρουν τοπικό optima και όχι το βέλτιστο.
3. Βιολογικοί παράγοντες:
* Οριζόντια μεταφορά γονιδίων: Σε ορισμένες περιπτώσεις, τα γονίδια μπορούν να μεταφερθούν οριζόντια μεταξύ μη σχετιζόμενων ειδών. Αυτό μπορεί να δυσκολευτεί να συναχθεί ένα ενιαίο, ακριβές δέντρο.
* Ατελής διαλογή γραμμών: Όταν τα στενά συνδεδεμένα είδη αποκλίνουν γρήγορα, ορισμένοι προγονικοί πολυμορφισμοί μπορούν να διατηρηθούν σε διαφορετικές γενεές, οδηγώντας σε παραπλανητικά φυλογενετικά σήματα.
* Convergent Evolution: Παρόμοια χαρακτηριστικά μπορούν να εξελιχθούν ανεξάρτητα σε διαφορετικές γενεές λόγω παρόμοιων περιβαλλοντικών πιέσεων, καθιστώντας δύσκολη τη διάκριση της ομολογίας από την ομοιοπλάσια.
4. Στοχαστικότητα:
* Φυλογενετικό συμπέρασμα είναι πιθανοτικό: Ακόμη και με τα ίδια δεδομένα και μέθοδο, υπάρχει πάντα κάποιος βαθμός αβεβαιότητας στις υπονοούμενες σχέσεις, ειδικά με περιορισμένα δεδομένα. Αυτή η εγγενή στοχαστικότητα μπορεί να οδηγήσει σε διαφορετικές τοπολογίες δέντρων.
Συνοπτικά:
Διαφορετικές τοπολογίες δένδρων μπορούν να προκύψουν από μια σύνθετη αλληλεπίδραση παραγόντων που σχετίζονται με τα δεδομένα, τις αναλυτικές μεθόδους, τις βιολογικές διεργασίες και την εγγενή στοχαστικότητα. Είναι σημαντικό να εξεταστούν όλοι αυτοί οι παράγοντες κατά την ερμηνεία των φυλογενετικών αποτελεσμάτων και να γνωρίζουμε τους περιορισμούς οποιασδήποτε μεμονωμένης ανάλυσης.
