Ποιο είναι το ORF ενός γονιδίου;
Ένα ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης (ORF) είναι μια ακολουθία DNA ή RNA που μπορεί να μεταφραστεί σε πρωτεΐνη. Χαρακτηρίζεται από:
1. Έναρξη κωδικονίου: Ένα ORF αρχίζει με ένα κωδικόνιο έναρξης, συνήθως Aug (μεθειονίνη).
2. Σταματήστε κωδικόνιο: Ένα ORF τελειώνει με κωδικόνιο διακοπής, συνήθως UAA, UAG ή UGA.
3. Συνεχής ακολουθία κωδικοποίησης: Η αλληλουχία μεταξύ των κωδικώνων έναρξης και διακοπής είναι μια συνεχής έκταση κωδικόνων που μπορούν να μεταφραστούν σε πρωτεΐνη.
4. Πλαίσιο ανάγνωσης: Τα ORF διαβάζονται σε ένα συγκεκριμένο πλαίσιο ανάγνωσης, που σημαίνει ότι τα κωδικόνια ομαδοποιούνται σε σύνολα τριών νουκλεοτιδίων.
Σημασία του ORFS:
* Σύνθεση πρωτεΐνης: Τα ORF παρέχουν τις γενετικές πληροφορίες που είναι απαραίτητες για τη σύνθεση πρωτεϊνών.
* Αναγνώριση γονιδίων: Ο προσδιορισμός του ORFS είναι ένα κρίσιμο βήμα στην πρόβλεψη και τον σχολιασμό των γονιδίων.
* Λειτουργική ανάλυση: Η ανάλυση των ORF μπορεί να βοηθήσει στον προσδιορισμό της λειτουργίας των γονιδίων.
* Εξελικτικές μελέτες: Τα ORF παίζουν ρόλο στην κατανόηση των εξελικτικών σχέσεων μεταξύ των οργανισμών.
εύρεση ORFS:
Τα ORF συνήθως αναγνωρίζονται χρησιμοποιώντας βιοπληροφορικά εργαλεία που αναζητούν τα ακόλουθα χαρακτηριστικά:
* Ξεκινήστε και σταματήστε τα κωδικόνια
* Μήκος ακολουθίας κωδικοποίησης
* ομολογία αλληλουχίας σε γνωστά γονίδια
Παράδειγμα:
`` `
... atggtgcaaggttacgtgtag ...
`` `
Σε αυτή την ακολουθία, το ORF είναι:
* Κώδικα εκκίνησης: Αυγούστου
* Σταμάξτε κωδικόνιο: Uag
* ακολουθία κωδικοποίησης: Atggtgcaaggttacgtgt
Σημείωση:
* Δεν μεταφράζονται όλα τα ORF σε πρωτεΐνες. Ορισμένα ORF μπορεί να είναι μη κωδικοποιημένα ή να κωδικοποιούν RNA που δεν κωδικοποιούν πρωτεΐνες.
* Το μήκος και η ακολουθία ενός ORF μπορεί να ποικίλει ευρέως μεταξύ των γονιδίων.
* Η έννοια των ORF είναι απαραίτητη για την κατανόηση της γονιδιακής έκφρασης και της λειτουργίας της πρωτεΐνης.
