Οι πρωτεΐνες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον προσδιορισμό του πόσο στενά συνδεδεμένοι οργανισμοί είναι επειδή οι αλληλουχίες αμινοξέων που καθορίζονται από ένα
* DNA ως σχέδιο: Το DNA περιέχει τις γενετικές οδηγίες για την οικοδόμηση και τη διατήρηση ενός οργανισμού. Αυτές οι οδηγίες κωδικοποιούνται στην αλληλουχία των τεσσάρων νουκλεοτιδίων βάσεων (Α, Τ, C, G).
* γονίδια και πρωτεΐνες: Τα τμήματα του DNA που ονομάζονται γονίδια περιέχουν τον κώδικα για συγκεκριμένες πρωτεΐνες.
* Μεταγραφή και μετάφραση: Η αλληλουχία DNA ενός γονιδίου μεταγράφεται πρώτα σε RNA, το οποίο στη συνέχεια μεταφράζεται σε μια συγκεκριμένη αλληλουχία αμινοξέων που σχηματίζουν μια πρωτεΐνη.
* ομοιότητες αμινοξέων: Όσο πιο παρόμοιες είναι οι αλληλουχίες DNA δύο οργανισμών σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο, τόσο πιο παρόμοιες θα είναι οι αλληλουχίες αμινοξέων των αντίστοιχων πρωτεϊνών τους.
* εξελικτικές σχέσεις: Με την πάροδο του χρόνου, συσσωρεύονται μεταλλάξεις στο DNA. Αυτές οι μεταλλάξεις περνούν κάτω από γενιές, με αποτέλεσμα διαφορές στις αλληλουχίες DNA και πρωτεϊνών. Όσο λιγότερες διαφορές στις πρωτεϊνικές αλληλουχίες μεταξύ δύο ειδών, όσο πιο πρόσφατα μοιράστηκαν έναν κοινό πρόγονο.
Συνοπτικά: Η σύγκριση των αλληλουχιών αμινοξέων των πρωτεϊνών επιτρέπει στους επιστήμονες να συμπεράνουν πόσο στενά συνδεδεμένοι είναι οι διαφορετικοί οργανισμοί, αντανακλώντας την κοινή τους εξελικτική ιστορία.