Τι σημαίνουν οι αριθμοί στο φυλογενετικό δέντρο;
1. Μήκος κλάδου:
* Αναλογική προς την εξελικτική ώρα: Σε μερικά δέντρα, τα μήκη των κλάδων αντιπροσωπεύουν την εκτιμώμενη ποσότητα εξελικτικού χρόνου που έχει περάσει από την απόκλιση δύο γενεών. Τα μακρύτερα κλάδους δείχνουν ότι έχει περάσει περισσότερος χρόνος.
* Αναλογικά προς τη γενετική απόσταση: Σε άλλα δέντρα, τα μήκη των κλάδων είναι ανάλογα με τη γενετική απόσταση μεταξύ των ειδών. Όσο μεγαλύτερος είναι ο κλάδος, τόσο μεγαλύτερη είναι η γενετική διαφορά μεταξύ του είδους στα άκρα του.
* αυθαίρετο: Ορισμένα δέντρα χρησιμοποιούν μήκη κλάδων για να απεικονίσουν απλώς τις σχέσεις μεταξύ των ειδών χωρίς να αντιπροσωπεύουν χρόνο ή γενετική απόσταση.
2. Τιμές υποστήριξης bootstrap:
* Εμπιστοσύνη στην τοποθέτηση κόμβων: Οι τιμές bootstrap αντιπροσωπεύουν το ποσοστό των χρόνων που βρέθηκε ένας συγκεκριμένος κόμβος (σημείο διακλάδωσης) σε ένα σύνολο τυχαία επαναληπτικών δεδομένων. Οι υψηλότερες τιμές υποδεικνύουν μεγαλύτερη εμπιστοσύνη στην τοποθέτηση αυτού του κόμβου.
* Παράδειγμα: Μια τιμή bootstrap 95% σημαίνει ότι ο κόμβος βρέθηκε στο 95% των επαναληπτικών συνόλων δεδομένων, γεγονός που υποδηλώνει ισχυρή στατιστική υποστήριξη για την ύπαρξή του.
3. Πιθανότητες:
* Bayesian συμπέρασμα: Στα δέντρα που παράγονται με τη χρήση Bayesian συμπερασμάτων, οι οπίσθιες πιθανότητες υποδεικνύουν την πιθανότητα ενός συγκεκριμένου κόμβου να είναι σωστή, λαμβάνοντας υπόψη τα δεδομένα.
* Παράδειγμα: Μια οπίσθια πιθανότητα 0,95 σημαίνει ότι υπάρχει 95% πιθανότητα να τοποθετηθεί σωστά ο κόμβος.
4. Ετικέτες κόμβων:
* Ονόματα ειδών: Μερικές φορές, οι αριθμοί χρησιμοποιούνται για την επισήμανση συγκεκριμένων κόμβων, ειδικά όταν ασχολούνται με μεγάλο αριθμό ειδών.
* Άλλες πληροφορίες: Οι ετικέτες των κόμβων ενδέχεται επίσης να αντιπροσωπεύουν άλλες πληροφορίες, όπως η γεωλογική ηλικία του είδους ή το όνομα ενός συγκεκριμένου απολιθωμένου.
5. Bar Scale:
* Μονάδες χρόνου/γενετικής αλλαγής: Μια ράβδος κλίμακας περιλαμβάνεται συχνά σε ένα φυλογενετικό δέντρο για να υποδεικνύει τις μονάδες του χρόνου ή της γενετικής αλλαγής που αντιπροσωπεύεται από τα μήκη των κλάδων.
Για να κατανοήσουμε την έννοια των αριθμών σε ένα συγκεκριμένο φυλογενετικό δέντρο, είναι σημαντικό να:
* Διαβάστε το θρύλο σχήματος: Αυτό συχνά θα εξηγεί την έννοια των αριθμών και οποιαδήποτε άλλα σύμβολα που χρησιμοποιούνται στο δέντρο.
* Εξετάστε τη μέθοδο κατασκευής δέντρων: Διαφορετικές μέθοδοι (π.χ., φερεγγυότητα, απόσταση, Bayesian) μπορεί να χρησιμοποιούν διαφορετικούς τύπους αριθμών.
* Συμβουλευτείτε την αρχική δημοσίευση: Εάν εξετάζετε ένα δέντρο από ένα επιστημονικό έγγραφο, οι συγγραφείς θα περιγράφουν συνήθως την έννοια των αριθμών στην ενότητα μεθόδων.
Δίνοντας προσοχή σε αυτές τις λεπτομέρειες, μπορείτε να ερμηνεύσετε τις πληροφορίες που παρουσιάζονται σε ένα φυλογενετικό δέντρο και να κατανοήσετε τις σχέσεις μεταξύ των ειδών και των εξελικτικών γεγονότων που οδήγησαν στη διαφοροποίησή τους.
