Ποια ένζυμα περιορισμού κόβουν τα μικρότερα κομμάτια DNA;
* Μήκος ιστότοπου αναγνώρισης: Τα ένζυμα περιορισμού κόβουν το DNA σε συγκεκριμένες αλληλουχίες που ονομάζονται θέσεις αναγνώρισης. Τα ένζυμα με μικρότερες θέσεις αναγνώρισης θα μειωθούν συχνότερα, με αποτέλεσμα μικρότερα θραύσματα. Ωστόσο, το πραγματικό μέγεθος των θραυσμάτων εξαρτάται από τη διανομή αυτών των θέσεων εντός της αλληλουχίας DNA.
* Δραστηριότητα αστέρων: Ορισμένα ένζυμα περιορισμού μπορούν να παρουσιάσουν "δραστικότητα αστέρων", που σημαίνει ότι μπορούν να κόψουν τις ακολουθίες που είναι ελαφρώς διαφορετικές από την ιδανική τους θέση αναγνώρισης, υπό ορισμένες συνθήκες (π.χ. υψηλή συγκέντρωση άλατος). Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε συχνότερες περικοπές και μικρότερα θραύσματα.
* ακολουθία DNA: Η συγκεκριμένη ακολουθία του DNA που κόβετε θα καθορίσει το μέγεθος των θραυσμάτων. Ακόμη και αν χρησιμοποιείτε το ίδιο ένζυμο περιορισμού, διαφορετικές αλληλουχίες DNA θα παράγουν θραύσματα διαφορετικού μεγέθους.
Για να προσδιορίσετε ποιο ένζυμο κόβει τα μικρότερα κομμάτια, πρέπει να ξέρετε:
1. Η ακολουθία DNA που κόβετε: Η κατανομή των θέσεων αναγνώρισης ενζύμων περιορισμού εντός της αλληλουχίας DNA θα καθορίσει το μέγεθος του θραύσματος.
2. Το συγκεκριμένο ένζυμο περιορισμού που εξετάζετε: Κάθε ένζυμο έχει διαφορετικό σημείο αναγνώρισης και μπορεί να έχει διαφορετική δραστηριότητα αστέρων.
3. Οι συνθήκες της πέψης: Οι συνθήκες όπως η συγκέντρωση και η θερμοκρασία του άλατος μπορούν να επηρεάσουν τη δραστικότητα των ενζύμων περιορισμού.
Αντί να ψάχνετε για το μικρότερο ένζυμο, είναι πιο χρήσιμο για:
* Επιλέξτε ένα ένζυμο με μια θέση αναγνώρισης που είναι συχνή στην ακολουθία DNA σας. Αυτό θα σας δώσει πολλές περικοπές και μικρότερα θραύσματα.
* Χρησιμοποιήστε πολλαπλά ένζυμα με διαφορετικές τοποθεσίες αναγνώρισης. Αυτό θα παράγει ένα πιο διαφορετικό σύνολο θραυσμάτων και θα μπορούσε να αποκαλύψει περισσότερες πληροφορίες σχετικά με την ακολουθία DNA σας.
* Εξετάστε τη χρήση μιας βάσης δεδομένων ενζύμου περιορισμού: Υπάρχουν διαδικτυακές βάσεις δεδομένων που σας επιτρέπουν να εισάγετε την ακολουθία DNA σας και να προσδιορίσετε τα ένζυμα περιορισμού που θα το κόψουν.
Τελικά, το ένζυμο "μικρότερο κοπτικό" είναι ειδικό για την αλληλουχία DNA και τις πειραματικές συνθήκες με τις οποίες εργάζεστε.
