Γιατί να χρησιμοποιήσετε τη φορμαλδεΰδη σε στύπωμα Northern για την παρασκευή πηκτής;

Η φορμαλδεΰδη είναι όχι Χρησιμοποιείται στο Northern κηλίδωση για την παρασκευή του πηκτώματος.

Εδώ είναι γιατί:

* Το κηλίδωμα του Northern χρησιμοποιεί ένα πήκτωμα αγαρόζης, όχι ένα πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου. Τα πηκτώματα πολυακρυλαμιδίου χρησιμοποιούνται σε SDS-PAGE (ηλεκτροφόρηση πηκτώματος πολυακρυλαμιδίου του θειικού νατρίου), η οποία διαχωρίζει τις πρωτεΐνες κατά μέγεθος. Η φορμαλδεΰδη χρησιμοποιείται σε ορισμένα πρωτόκολλα SDS-PAGE για τη διατήρηση της ακεραιότητας της δομής της πρωτεΐνης.

* Οι στόχοι του Northern Blotting RNA, όχι πρωτεΐνες. Το RNA διαχωρίζεται κατά μέγεθος χρησιμοποιώντας ένα πήκτωμα αγαρόζης, όχι ένα πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου. Η φορμαλδεΰδη δεν είναι απαραίτητη για τη διατήρηση της δομής του RNA σε αυτό το πλαίσιο.

Εδώ είναι αυτό που χρησιμοποιείται στο παρασκεύασμα γέλης βόρειου κηλίδωση:

* Agarose: Ένα πολυσακχαρίτη που σχηματίζει μια μήτρα πηκτής, διαχωρίζοντας τα μόρια RNA κατά μέγεθος.

* buffer: Τυπικά ρυθμιστικό διάλυμα Tris-Borate-Edta (TBE) ή Tris-Acetate-Edta (TAE), παρέχοντας ένα αγώγιμο μέσο για ηλεκτροφόρηση.

* φορμαλδεΰδη (προαιρετική): Η φορμαλδεΰδη * μερικές φορές * προστίθεται στο ρυθμιστικό ηλεκτροφόρησης κατά τη διάρκεια της κηλίδωσης του Northern, αλλά αυτό δεν είναι να προετοιμάσει το ίδιο το πήκτωμα. Χρησιμοποιείται για την μετρίου των μορίων RNA, εξασφαλίζοντας ότι μεταναστεύουν μέσω του πηκτώματος με βάση μόνο το μέγεθος, όχι τη δομή.

Συνοπτικά: Η φορμαλδεΰδη δεν παίζει ρόλο στο παρασκεύασμα γέλης βόρειου κηλίδωση. Χρησιμοποιείται σε ορισμένα πρωτόκολλα για να μερίδιες μόρια RNA κατά τη διάρκεια της ηλεκτροφόρησης, αλλά όχι στο ίδιο το πήκτωμα.