Διαφορά μεταξύ VNTR και STR

Κύρια διαφορά – VNTR έναντι STR

Το επαναλαμβανόμενο DNA είναι τα μοτίβα των νουκλεϊκών οξέων που εμφανίζονται σε πολλαπλά αντίγραφα σε όλο το γονιδίωμα. Αποτελούν μεγάλες αναλογίες του πυρηνικού DNA των ευκαρυωτών. Οι διαδοχικές επαναλήψεις είναι ένας από τους κύριους τύπους επαναλαμβανόμενου DNA που αντιγράφουν επαναλαμβανόμενες μονάδες αλληλουχίας που βρίσκονται δίπλα η μία στην άλλη, σχηματίζοντας ένα μπλοκ νουκλεοτιδίων. Το VNTR (διαδοχικές επαναλήψεις μεταβλητού αριθμού) και το STR (μικρές διαδοχικές επαναλήψεις) είναι δύο τύποι διαδοχικών επαναλήψεων που βρίσκονται στο ευκαρυωτικό γονιδίωμα. Το VNTR είναι ένας τύπος μικροδορυφορικού DNA ενώ το STR είναι ένας τύπος μικροδορυφορικού DNA. Η κύρια διαφορά μεταξύ VNTR και STR είναι ότι η επαναλαμβανόμενη μονάδα του VNTR είναι 10-60 ζεύγη βάσεων ενώ η επαναλαμβανόμενη μονάδα του STR είναι 2-6 ζεύγη βάσεων .

Βασικές περιοχές που καλύπτονται

1. Τι είναι το VNTR
     – Ορισμός, Χαρακτηριστικά, Σημασία
2. Τι είναι το STR
     – Ορισμός, Χαρακτηριστικά, Σημασία
3. Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ VNTR και STR
     – Περίληψη κοινών χαρακτηριστικών
4. Ποια είναι η διαφορά μεταξύ VNTR και STR
     – Σύγκριση βασικών διαφορών

Βασικοί όροι:Forensic Genetics, Microsatellite, Minisatellite, Repeating Nucleotide Units, STR, Tandem Repeats, VNTR

Τι είναι το VNTR

Το

Το VNTR αναφέρεται σε έναν τύπο διαδοχικών επαναλήψεων στις οποίες μια σύντομη ακολουθία νουκλεοτιδίων (10-60 ζεύγη βάσεων) επαναλαμβάνεται μεταβλητό αριθμό φορές σε έναν συγκεκριμένο τόπο. Επομένως, το VNTR είναι επίσης γνωστό ως minisatellites . Τα VNTRs είναι διάσπαρτα σε όλα τα χρωμοσώματα του ευκαρυωτικού γονιδιώματος. Γενικά, ο αριθμός των επαναλαμβανόμενων μονάδων σε ένα VNTR ποικίλλει μεταξύ των ατόμων. Ως εκ τούτου, το μήκος του πίνακα που σχηματίζεται από τα VNTR ποικίλλει επίσης μεταξύ των ατόμων. Καθώς ο αριθμός παραλλαγής των χρωμοσωμάτων κληρονομείται από τους γονείς, μπορούν να χρησιμοποιηθούν στη γονική ή προσωπική ταυτοποίηση. Η παραλλαγή των VNTR σε έξι άτομα φαίνεται στο σχήμα 1 .

Εικόνα 1:Παραλλαγή VNTR σε άτομα

Οι VNTR είναι οι πρώτοι τύποι πολυμορφισμών που χρησιμοποιούνται στο προφίλ DNA για τον προσδιορισμό των χαρακτηριστικών του DNA ενός συγκεκριμένου ατόμου. Χρησιμοποιούνται επίσης ως γενετικοί δείκτες στο RFLP (πολυμορφισμός μήκους θραύσματος περιορισμού), μια τεχνική που χρησιμοποιεί PCR, ηλεκτροφόρηση γέλης και παραγωγή μοτίβων ζωνών με στύπωμα Southern.

Τι είναι το STR

Το

Το STR αναφέρεται σε έναν τύπο διαδοχικών επαναλήψεων στις οποίες μια σύντομη ακολουθία νουκλεοτιδίων (2-6 ζεύγη βάσεων) επαναλαμβάνεται μεταβλητό αριθμό φορές σε έναν συγκεκριμένο τόπο. Οι STR είναι ένας τύπος μικροδορυφόρων και είναι επίσης γνωστοί ως επαναλήψεις σύντομης ακολουθίας (SSRs) στη γενετική των φυτών. Οι επαναλαμβανόμενες μονάδες που αποτελούνται από ένα μόνο νουκλεοτίδιο είναι γνωστές ως πολυμορφισμός ενός νουκλεοτιδίου (SNP). Οι STR είναι ο συνηθέστερος τύπος γενετικών πολυμορφισμών που αναλύονται επί του παρόντος στην εγκληματολογική γενετική. Το προφίλ DNA με τη χρήση STR ως γενετικών δεικτών φαίνεται στην εικόνα 2.

Εικόνα 2:Προφίλ DNA

Μεταλλάξεις σε ορισμένες από τις περιοχές STR οδηγούν σε γενετικές ασθένειες όπως το σύνδρομο εύθραυστου X και η νόσος του Huntington.

Similarities Between VNTR and STR

• Το VNTR και το STR είναι δύο τύποι διαδοχικών επαναλήψεων.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR είναι δομικές περιοχές του ευκαρυωτικού γονιδιώματος.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR αποτελούνται από μη κωδικοποιητικό DNA.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR κληρονομούνται από τους γονείς.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR αποτελούνται από επαναλαμβανόμενες ακολουθίες, που διατάσσονται το ένα δίπλα στο άλλο σε έναν πίνακα.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR παράγουν γενετικό πολυμορφισμό.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR εξαπλώνονται σε όλο το γονιδίωμα.
• Τόσο το VNTR όσο και το STR χρησιμοποιούνται ως γενετικοί δείκτες στην εγκληματολογική γενετική.
• Μεταλλάξεις τόσο στο VNTR όσο και στο STR οδηγούν σε γενετικές ασθένειες.

Διαφορά μεταξύ VNTR και STR

Ορισμός

VNTR: Το VNTR είναι ένας τύπος διαδοχικής επανάληψης κατά την οποία μια σύντομη ακολουθία νουκλεοτιδίων (10-60 ζεύγη βάσεων) επαναλαμβάνεται μεταβλητό αριθμό φορές σε έναν συγκεκριμένο τόπο.

STR: Το STR είναι ένας τύπος διαδοχικής επανάληψης στην οποία μια σύντομη ακολουθία νουκλεοτιδίων (2-6 ζεύγη βάσεων) επαναλαμβάνεται μεταβλητό αριθμό φορών σε έναν συγκεκριμένο τόπο.

Αριθμός επαναλαμβανόμενων νουκλεοτιδίων 

VNTR: Το VNTR αποτελείται από 10-60 ζεύγη βάσεων.

STR: Το STR αποτελείται από 2-6 ζεύγη βάσεων.

Τύπος επαναλαμβανόμενου DNA

VNTR: Το VNTR είναι ένας τύπος μικροδορυφορικού DNA.

STR: Το STR είναι ένας τύπος μικροδορυφορικού DNA.

Αριθμός επαναλήψεων

VNTR: Το VNTR αποτελείται από 10-1.500 επαναλήψεις στον πίνακα.

STR: Το STR αποτελείται από 5-200 επαναλήψεις στον πίνακα.

Μέγεθος του πίνακα

VNTR: Το VNTR σχηματίζει μια συστοιχία 0,5-15 kb.

STR: Το STR σχηματίζει μια συστοιχία 10-1000 bp.

Πολυπλοκότητα του πίνακα

VNTR: Το VNTR παράγει ετερογενείς πίνακες.

STR: Το STR παράγει ομοιογενείς πίνακες.

Συμπέρασμα

Το VNTR και το STR είναι δύο τύποι διαδοχικών επαναλήψεων που σχηματίζουν συστοιχίες γειτονικών επαναλαμβανόμενων μονάδων στο ευκαρυωτικό γονιδίωμα. Το VNTR αποτελείται από συγκριτικά μεγάλες επαναλαμβανόμενες μονάδες νουκλεοτιδίων (10-60 ζεύγη βάσεων). Το STR αποτελείται από σύντομες επαναλαμβανόμενες μονάδες νουκλεοτιδίων (2-6 bp). Η κύρια διαφορά μεταξύ VNTR και STR είναι το μήκος των επαναλαμβανόμενων μονάδων κάθε τύπου διαδοχικών επαναλήψεων.

Αναφορά:

1. "Διαδοχική επανάληψη μεταβλητού αριθμού." Θέματα ScienceDirect, διαθέσιμα εδώ.
2. «Η Επιστήμη της Εγκληματολογικής Γενετικής». CRG – Συμβούλιο Υπεύθυνης Γενετικής, Διαθέσιμο εδώ.

Εικόνα Ευγενική προσφορά:

1. “D1S80Demo” By PaleWhaleGail στην Αγγλική Wikipedia (CC BY-SA 3.0 ) μέσω Commons Wikimedia
2. “Stages of Gene Fingerprinting” By Sneptunebear16 – Own work (CC BY-SA 4.0) μέσω Wikimedia