Ποια είναι η διαφορά μεταξύ των εκκινητών PCR και των εκκινητών αλληλουχίας

Η κύρια διαφορά μεταξύ των εκκινητών PCR και των εκκινητών προσδιορισμού αλληλουχίας είναι ότι οι εναρκτήρες PCR είναι σημαντικοί για την ενίσχυση PCR για να ληφθεί ένα αμπλικόνιο, ενώ οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας είναι σημαντικοί για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας ενός θραύσματος DNA για την αποκάλυψη της νουκλεοτιδικής του αλληλουχίας. Επιπλέον, δύο εκκινητές PCR. ο εμπρόσθιος και ο ανάστροφος εκκινητής χρησιμοποιούνται σε μια PCR ενώ η αλληλούχιση απαιτεί έναν εναρκτήρα προσδιορισμού αλληλουχίας μόνο. Επιπλέον, οι εκκινητές PCR είναι ειδικοί για την αλληλουχία που πρόκειται να ενισχυθεί ενώ οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας δεν σχετίζονται πάντα με την αλληλουχία DNA στόχο.

Οι εκκινητές PCR και οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας είναι δύο τύποι σύντομων, ολιγονουκλεοτιδικών αλληλουχιών που είναι υπεύθυνες για τη βοήθεια στην έναρξη της σύνθεσης DNA in vitro .

Βασικές περιοχές που καλύπτονται 

1. Τι είναι οι εκκινητές PCR
     – Ορισμός, Χαρακτηριστικά, Λειτουργία
2. Τι είναι οι εκκινητές αλληλουχίας
     – Ορισμός, Χαρακτηριστικά, Λειτουργία
3. Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ των εκκινητών PCR και των εκκινητών αλληλουχίας
     – Περίληψη κοινών χαρακτηριστικών
4. Ποια είναι η διαφορά μεταξύ των εκκινητών PCR και των εκκινητών αλληλουχίας
     – Σύγκριση βασικών διαφορών

Βασικοί όροι 

Forward Primer, PCR Primers, Reverse Primer, Sequencing Primers

Τι είναι οι εκκινητές PCR 

Οι εκκινητές PCR είναι σύντομες αλληλουχίες DNA που είναι υπεύθυνες για τη διευκόλυνση της έναρξης της σύνθεσης DNA in vitro σε μια διαδικασία που ονομάζεται αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR). Γενικά, η DNA πολυμεράση είναι το ένζυμο που είναι υπεύθυνο για τη σύνθεση του DNA. Ωστόσο, απαιτεί ένα άκρο 3' ΟΗ για την έναρξη της αντιγραφής του DNA. Έτσι, η πριμάση RNA είναι το ένζυμο που συνθέτει in vivo ένα σύντομο εκκινητή RNA στο σημείο έναρξης της αντιγραφής του DNA. Εν τω μεταξύ, κατά τη διάρκεια του in vitro Σύνθεση DNA σε PCR, χρησιμοποιούνται εκκινητές DNA.

Τύποι 

Επιπλέον, υπάρχουν δύο τύποι εκκινητών που χρησιμοποιούνται για μια συγκεκριμένη αντίδραση PCR. Είναι τα μπροστινά και τα αντίστροφα εκκινητές. Τυπικά, ο εμπρόσθιος εκκινητής ανόπτει τον αντιπληροφοριακό κλώνο του δίκλωνου DNA. Συγκριτικά, το αντίστροφο εκκινητή ανόπτεται στον κλώνο αίσθησης. Γενικά, ο αντιπληροφοριακός κλώνος εκτείνεται στην κατεύθυνση 3' προς 5' ενώ ο κλώνος αίσθησης εκτείνεται στην κατεύθυνση 5' προς 3'. Ωστόσο, ο εμπρός και ο αντίστροφος εκκινητής πλαισιώνουν την αλληλουχία DNA στόχου που πρόκειται να ενισχυθεί.

Εικόνα 1:Εμπρός και αντίστροφα εκκινητές

Σχεδίαση Primer 

Ο σχεδιασμός εκκινητών PCR είναι ένα κρίσιμο βήμα για μια επιτυχημένη αντίδραση PCR, η οποία ενισχύει την αλληλουχία DNA στόχο. Βασικά, το μήκος των εκκινητών PCR πρέπει να είναι 18-22 βάσεις. Επίσης, η περιεκτικότητά τους σε GC θα πρέπει να είναι 50-55%. Εκτός από αυτά, τα αστάρια θα πρέπει να έχουν GC-lock στο άκρο 3'. Επιπλέον, η θερμοκρασία τήξης των ασταριών πρέπει να είναι 50-55 °C. Επιπλέον, οι περιοχές πολυβάσεων, οι δευτερογενείς δομές και ο σχηματισμός εναρκτήρα-διμερούς δεν θα πρέπει να εμφανίζονται στους εκκινητές.

Τι είναι οι εκκινητές αλληλουχίας 

Οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας είναι οι εκκινητές, οι οποίοι διευκολύνουν την έναρξη της αντίδρασης προσδιορισμού αλληλουχίας. Γενικά, τόσο η αλληλουχία Sanger, όσο και η αλληλουχία DNA «Επόμενης Γενιάς», απαιτούν εκκινητές. Για παράδειγμα, υπάρχουν δύο συμπληρωματικοί κλώνοι DNA ανά μόριο DNA. Επομένως, για ένα συγκεκριμένο θραύσμα DNA, υπάρχουν δύο αλληλουχίες. λογική και αντιπληροφοριακή ακολουθία. Ακόμα, κατά τη διάρκεια μιας αντίδρασης προσδιορισμού αλληλουχίας, μόνο ένας κλώνος DNA υφίσταται προσδιορισμό αλληλουχίας. Ως εκ τούτου, μόνο ένας εκκινητής χρησιμοποιείται για την αντίδραση προσδιορισμού αλληλουχίας. Ωστόσο, αυτό το αστάρι μπορεί να είναι είτε το μπροστινό αστάρι είτε το αντίστροφο αστάρι.

Εικόνα 2:Ο ρόλος των εκκινητών αλληλουχίας στην αλληλουχία Sanger

Επιπλέον, μπορεί κανείς να προσδιορίσει την αλληλουχία και των δύο κλώνων του θραύσματος DNA σε δύο ξεχωριστές αντιδράσεις προσδιορισμού αλληλουχίας χρησιμοποιώντας τον εμπρόσθιο εκκινητή και τον αντίστροφο εκκινητή ξεχωριστά σε μία από τις δύο αντιδράσεις αλληλούχισης. Επίσης, οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας δεν χρειάζεται απαραίτητα να πλαισιώνουν την αλληλουχία DNA στόχο όπως γίνεται από τους εμπρόσθιους και ανάστροφους εκκινητές. Αυτό σημαίνει; Οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας μπορούν επίσης να ανόπτονται στις αλληλουχίες στη ραχοκοκαλιά του φορέα επίσης. Μερικά από τα παραδείγματα καθολικών εκκινητών στη ραχοκοκαλιά του φορέα για προσδιορισμό αλληλουχίας περιλαμβάνουν τα T7, SP6, M13 reverse, CMV forward, κ.λπ. 

Similarities Between PCR Primers and Sequencing Primers 

• Οι εκκινητές PCR και οι εκκινητές αλληλουχίας είναι δύο τύπων των ασταριών.
• Και οι δύο είναι σύντομες ολιγονουκλεοτιδικές αλληλουχίες.
• Είναι υπεύθυνοι για την έναρξη του DNA σύνθεση in vitro με δέσμευση στις συμπληρωματικές αλληλουχίες του DNA.

Διαφορά μεταξύ των εκκινητών PCR και των εκκινητών αλληλουχίας 

Ορισμός 

Οι εκκινητές PCR αναφέρονται στα μικρά κομμάτια μονόκλωνου DNA που χρησιμοποιούνται στην αντίδραση PCR ενώ οι εκκινητές αλληλουχίας αναφέρονται στις βραχείες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων που χρησιμοποιούνται για την έναρξη της σύνθεσης DNA σε μια αντίδραση προσδιορισμού αλληλουχίας.

Κύριος σκοπός 

Οι εκκινητές PCR χρησιμοποιούνται στην ενίσχυση PCR για να ληφθεί ένα αμπλικόνιο ενώ οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας ενός θραύσματος DNA για την αποκάλυψη της νουκλεοτιδικής του αλληλουχίας.

Τύποι 

Δύο εκκινητές PCR; Ο μπροστινός και ο ανάστροφος εκκινητής χρησιμοποιούνται σε μια PCR ενώ η αλληλούχιση απαιτεί έναν εναρκτήρα αλληλουχίας μόνο.

Ειδικότητα 

Οι εκκινητές PCR είναι συγκεκριμένοι για την αλληλουχία που πρόκειται να ενισχυθεί ενώ οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας δεν σχετίζονται πάντα με την αλληλουχία DNA στόχο.

Ιστότοποι περιορισμού 

Οι εκκινητές PCR ενδέχεται να περιέχουν θέσεις περιορισμού ενώ οι εκκινητές αλληλουχίας δεν περιέχουν θέσεις περιορισμού.

Εκφυλισμός 

Οι εκκινητές PCR μπορεί να είναι εκφυλισμένοι εκκινητές ενώ οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας δεν είναι εκφυλισμένοι.

Συμπέρασμα 

Οι εκκινητές PCR είναι οι δύο τύποι εκκινητών που χρησιμοποιούνται στην αντίδραση PCR για την ενίσχυση μιας αλληλουχίας DNA στόχου. Επίσης, οι δύο τύποι εκκινητών PCR περιλαμβάνουν τους εμπρόσθιους και ανάστροφους εκκινητές. Είναι σημαντικό ότι οι δύο εκκινητές πλαισιώνουν την αλληλουχία DNA στόχο, διευκολύνοντας την έναρξη της σύνθεσης κάθε κλώνου DNA. Αντίθετα, οι εκκινητές προσδιορισμού αλληλουχίας είναι οι εκκινητές, οι οποίοι βοηθούν στην έναρξη της σύνθεσης ενός συμπληρωματικού κλώνου DNA κατά τη διάρκεια της αντίδρασης προσδιορισμού αλληλουχίας. Ωστόσο, μόνο ένας εκκινητής χρησιμοποιείται στην αντίδραση προσδιορισμού αλληλουχίας. Επομένως, η κύρια διαφορά μεταξύ των εκκινητών PCR και των εκκινητών προσδιορισμού αλληλουχίας είναι ο σκοπός και η χρήση τους.