Οι ερευνητές αναπτύσσουν ηλεκτρονική πύλη για να δείξουν πώς οι προκαταλήψεις στις αλληλουχίες RNA επηρεάζουν την έκφραση γονιδίων

Οι ερευνητές του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνιας του Σαν Ντιέγκο έχουν αναπτύξει μια ηλεκτρονική πύλη που ονομάζεται Orion (στόχευση Oligo-Ribo) που επιτρέπει στους χρήστες να διερευνήσουν πώς οι προκαταλήψεις στις αλληλουχίες RNA επηρεάζουν την γονιδιακή έκφραση. Το εργαλείο θα μπορούσε να βοηθήσει τους επιστήμονες να κατανοήσουν καλύτερα τον τρόπο με τον οποίο διάφοροι παράγοντες, όπως οι μεταλλάξεις ή οι αλλαγές στις περιβαλλοντικές συνθήκες, μπορούν να μεταβάλλουν την έκφραση των γονιδίων και να συμβάλουν στην ασθένεια.

Η αλληλούχιση του RNA είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη τεχνική στη μοριακή βιολογία που επιτρέπει στους ερευνητές να προβάλλουν τα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων σε ένα βιολογικό δείγμα. Ωστόσο, η ακριβής ερμηνεία των δεδομένων RNA-Seq μπορεί να είναι προκλητική λόγω διαφόρων προκαταλήψεων που μπορεί να προκύψουν κατά τη διάρκεια της διαδικασίας.

Αυτές οι προκαταλήψεις μπορούν να προέρχονται από τα εγγενή χαρακτηριστικά των μορίων RNA, όπως η σύνθεση αλληλουχίας τους και οι χημικές τροποποιήσεις τους, καθώς και από τεχνικούς παράγοντες που σχετίζονται με τις μεθοδολογίες παρασκευής και αλληλουχίας της βιβλιοθήκης. Ως αποτέλεσμα, ορισμένες αλληλουχίες RNA μπορούν να ενισχυθούν κατά προτίμηση ή να κατασταλούν κατά τη διάρκεια της διαδικασίας RNA-Seq, οδηγώντας σε ανακριβείς μετρήσεις γονιδιακής έκφρασης.

Για να αντιμετωπιστεί αυτό το ζήτημα, οι ερευνητές στο UC San Diego ανέπτυξαν την Orion, μια ηλεκτρονική πλατφόρμα που ενσωματώνει δεδομένα από πολλαπλές πηγές για να παρέχει μια ολοκληρωμένη κατανόηση των προκαταλήψεων αλληλουχίας RNA. Το εργαλείο επιτρέπει στους χρήστες να διερευνούν τις πιθανές επιδράσεις αυτών των προκαταλήψεων στα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης και να εντοπίζουν περιοχές της αλληλουχίας RNA που είναι ιδιαίτερα ευαίσθητες σε αυτές τις προκαταλήψεις.

Οι ερευνητές κατέδειξαν τη χρησιμότητα του Orion αναλύοντας τα δεδομένα RNA-Seq τόσο από υγιή όσο και από καρκινικά κύτταρα. Διαπίστωσαν ότι ο Orion θα μπορούσε να εντοπίσει αποτελεσματικά τις περιοχές της αλληλουχίας RNA που ήταν προκατειλημμένες λόγω μεταλλάξεων ή αλλαγών στις περιβαλλοντικές συνθήκες, επιτρέποντας έτσι μια ακριβέστερη ερμηνεία των δεδομένων RNA-Seq.

Επιπλέον, ο Orion μπορεί να βοηθήσει τους ερευνητές να βελτιστοποιήσουν τον πειραματικό σχεδιασμό RNA-seq, υποδεικνύοντας περιοχές αλληλουχίας RNA που είναι λιγότερο πιθανό να επηρεαστούν από προκαταλήψεις, οδηγώντας σε πιο αξιόπιστες και αναπαραγώγιμες μετρήσεις γονιδιακής έκφρασης.

Συνολικά, η πύλη Orion παρέχει έναν πολύτιμο πόρο για τους ερευνητές που μελετούν την γονιδιακή έκφραση χρησιμοποιώντας RNA-seq. Το εργαλείο συμβάλλει στην προώθηση της κατανόησης των επιπτώσεων των μεροληψιών αλληλουχίας RNA και επιτρέπει την ακριβέστερη και αξιόπιστη ανάλυση των δεδομένων RNA-Seq.