Οι ερευνητές αναπτύσσουν τον αλγόριθμο για να καθορίσουν πώς η λειτουργία των κυτταρικών γειτονιών σε ιστούς
Η χωρική μεταγραφική είναι μια νέα τεχνολογία που επιτρέπει στους ερευνητές να μετρήσουν την γονιδιακή έκφραση των κυττάρων σε δείγμα ιστού διατηρώντας παράλληλα τις χωρικές τους σχέσεις. Αυτά τα δεδομένα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη δημιουργία ενός χάρτη του ιστού, δείχνοντας ποια γονίδια εκφράζονται σε κάθε κύτταρο και πώς οργανώνονται σε σχέση μεταξύ τους.
Το Tissuemapper χρησιμοποιεί αυτές τις χωρικές πληροφορίες για να συμπεράνει τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των κυττάρων και των γειτόνων τους. Ο αλγόριθμος αναγνωρίζει πρώτα συστάδες κυττάρων που εκφράζουν παρόμοια γονίδια. Αυτά τα συμπλέγματα χρησιμοποιούνται στη συνέχεια για να δημιουργήσουν ένα δίκτυο αλληλεπιδράσεων, δείχνοντας πώς τα κύτταρα συνδέονται μεταξύ τους.
Οι ερευνητές εξέτασαν το Tissuemapper σε πολλά διαφορετικά δείγματα ιστών, συμπεριλαμβανομένου του δέρματος, του εγκεφάλου και της καρδιάς. Ο αλγόριθμος ήταν σε θέση να εντοπίσει με ακρίβεια τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των κυττάρων σε κάθε ιστό και να προβλέψει πώς οι ιστοί θα ανταποκρίνονταν σε διαφορετικά ερεθίσματα.
"Το Tissuemapper είναι ένα ισχυρό νέο εργαλείο που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να κατανοήσει τον τρόπο οργανωμένου ιστού και πώς λειτουργούν", δήλωσε ο Alex Pollen, PhD, ερευνητής του UCSF και ένας από τους προγραμματιστές του Tissuemapper. "Αυτές οι πληροφορίες θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την ανάπτυξη νέων φαρμάκων και θεραπειών που στοχεύουν συγκεκριμένους κυτταρικούς τύπους ή αλληλεπιδράσεις".
Η μελέτη δημοσιεύθηκε στο περιοδικό Nature Methods.
