Τι καθορίζει εάν ένα συγκεκριμένο tRNA μπορεί να δεσμεύσει ένα mRNA;

Η αλληλουχία αντηδιών του tRNA πρέπει να είναι συμπληρωματική με την αλληλουχία κωδικονίου του mRNA. Αυτό σημαίνει ότι οι βάσεις στο αντηδιών πρέπει να είναι σε θέση να σχηματίσουν δεσμούς υδρογόνου με τις βάσεις στο κωδικόνιο. Για παράδειγμα, το UAC του αντηδιών θα μπορούσε να δεσμεύσει το κωδικόνιο Aug, επειδή το U στο αντισοδόνιο θα σχηματίσει δεσμούς υδρογόνου με το Α στο κωδικόνιο και το C στο αντηδιών θα σχηματίσει δεσμούς υδρογόνου με το G στο κωδικόνιο.

Εκτός από την αλληλουχία αντηδιών, η συνολική δομή του μορίου tRNA παίζει επίσης ρόλο στον προσδιορισμό του εάν μπορεί να δεσμεύεται ή όχι σε ένα mRNA. Το μόριο tRNA πρέπει να είναι σε θέση να διπλώνεται σε ένα συγκεκριμένο σχήμα που επιτρέπει στο αντηδιών να είναι εκτεθειμένο και προσβάσιμο στο mRNA. Αυτό το σχήμα καθορίζεται από τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των διαφορετικών βάσεων στο μόριο tRNA, καθώς και από τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ του μορίου tRNA και άλλων πρωτεϊνών.

Τέλος, η δέσμευση ενός μορίου tRNA σε ένα mRNA επηρεάζεται επίσης από την παρουσία άλλων μορίων, όπως τα ιόντα μαγνησίου και το GTP. Αυτά τα μόρια συμβάλλουν στη σταθεροποίηση της αλληλεπίδρασης μεταξύ του tRNA και του mRNA και βοηθούν επίσης να διασφαλιστεί ότι το σωστό μόριο tRNA συνδέεται με το mRNA.