Τι είναι ένα παλινδρόμιο καθώς σχετίζεται με την τοποθεσία ενζύμου περιορισμού;

Στο πλαίσιο των ενζύμων περιορισμού, ένα παλινδρόμιο είναι μια ακολουθία νουκλεοτιδίων που διαβάζει το ίδιο προς τα εμπρός και προς τα πίσω και στις δύο κλώνες του DNA. Αυτές οι παλινδρομικές αλληλουχίες χρησιμεύουν ως θέσεις αναγνώρισης για συγκεκριμένα ένζυμα περιορισμού, τα οποία είναι πρωτεΐνες που διασπούν τη σπονδυλική στήλη DNA σε ή κοντά στις αλληλουχίες στόχου τους.

Κάθε ένζυμο περιορισμού αναγνωρίζει και κόβει σε μια συγκεκριμένη παλινδρομική ακολουθία. Για παράδειγμα, το συνήθως χρησιμοποιούμενο ένζυμο Ecori δεσμεύεται και διασπά την παλινδρομική ακολουθία 5'-Gaattc-3 '. Τα δύο σκέλη του DNA θα έχουν τις ακόλουθες συμπληρωματικές αλληλουχίες στο site ecori:

Κορυφαία σκέλη:5 '-... g aattc ... =... cttaa g ...- 3'

Κάτω κλώνος:3 '-... C ttaa g ... =... gaattc ...- 5'

Το Palindrome είναι εμφανές στις συμπληρωματικές ακολουθίες. Όταν το DNA διασπαστεί από το ECORI, τα δύο που προκύπτουν κολλώδη άκρα θα είναι επίσης παλινδρομικά, επιτρέποντας την εύκολη σύνδεση σε άλλα θραύσματα περιορισμού με συμβατές προεξοχές.

Επιπλέον, ορισμένα ένζυμα περιορισμού διασπά τον κλώνο DNA εντός της αλληλουχίας αναγνώρισης, ενώ άλλοι κόβουν μερικά νουκλεοτίδια μακριά από την περιοχή. Αυτή η ιδιότητα οδηγεί είτε σε αμβλύ άκρα είτε σε συνεκτικά άκρα (επίσης γνωστά ως "κολλώδη άκρα") μετά την πέψη, αντίστοιχα. Η κατανόηση της αναγνώρισης του παλινδρόμου και του προτύπου διάσπασης των ενζύμων περιορισμού είναι ζωτικής σημασίας για τον χειρισμό και την ανάλυση του DNA στη γενετική μηχανική και τις βιοτεχνολογικές εφαρμογές.