Οι προκαρυώτες ταξινομούνται ως ανήκουν σε δύο διαφορετικούς τομείς σε ποιους τομείς;
* βακτήρια: Αυτή είναι η πιο διαφορετική και άφθονη ομάδα προκαρυωτικών. Βρίσκονται σε σχεδόν κάθε περιβάλλον στη γη, συμπεριλαμβανομένου του εδάφους, του νερού και του ανθρώπινου σώματος. Τα βακτήρια μπορεί να είναι ευεργετικά, όπως αυτά που εμπλέκονται στην σταθεροποίηση του αζώτου και την παραγωγή τροφίμων ή επιβλαβείς, όπως αυτές που προκαλούν ασθένεια.
* archaea: Αυτοί οι προκαρυώτες βρίσκονται συχνά σε ακραία περιβάλλοντα, όπως θερμές πηγές, λίμνες αλατιού και αεραγωγοί βαθέων υδάτων. Έχουν μοναδικά βιοχημικά χαρακτηριστικά που τα διακρίνουν από τα βακτήρια, συμπεριλαμβανομένων διαφορετικών δομών κυτταρικού τοιχώματος και λιπιδίων μεμβράνης. Ορισμένοι αρχαίοι διαδραματίζουν σημαντικούς ρόλους στο περιβάλλον, όπως στην παραγωγή μεθανίου.