Μπορούν να χρησιμοποιηθούν ένζυμα περιορισμού σε όλα τα DNA;

Όχι, τα ένζυμα περιορισμού δεν ισχύουν παγκοσμίως σε όλα τα DNA. Είναι πολύ συγκεκριμένα στη δράση τους, στοχεύοντας σε σύντομες, συγκεκριμένες αλληλουχίες DNA γνωστές ως sites αναγνώρισης .

Εδώ είναι γιατί:

* Ειδικότητα: Κάθε ένζυμο περιορισμού αναγνωρίζει και κόβει μόνο μια συγκεκριμένη αλληλουχία DNA, τυπικά 4-8 ζεύγη βάσεων μήκους. Αυτές οι αλληλουχίες είναι συχνά παλινδρομικές, που σημαίνει ότι διαβάζουν τα ίδια προς τα εμπρός και προς τα πίσω.

* Διαθεσιμότητα ιστότοπων αναγνώρισης: Η παρουσία και η συχνότητα αυτών των θέσεων αναγνώρισης ποικίλλουν σημαντικά μεταξύ διαφορετικών αλληλουχιών DNA. Κάποιο DNA μπορεί να έχει πολλές τοποθεσίες για ένα συγκεκριμένο ένζυμο, ενώ άλλοι δεν έχουν κανένα.

* Δομή και τροποποίηση DNA: Η προσβασιμότητα του τόπου αναγνώρισης μπορεί επίσης να επηρεαστεί από τη συνολική δομή του μορίου DNA, συμπεριλαμβανομένης της κατάστασης μεθυλίωσης (παρουσία ομάδων μεθυλίου στις βάσεις DNA). Ορισμένα ένζυμα περιορισμού είναι ευαίσθητα στη μεθυλίωση και δεν θα κόψουν το DNA εάν η θέση αναγνώρισης μεθυλιωμένο.

Συνοπτικά, η αποτελεσματικότητα ενός ενζύμου περιορισμού εξαρτάται από:

1. Η παρουσία της συγκεκριμένης θέσης αναγνώρισης εντός της ακολουθίας DNA.

2. Η προσβασιμότητα του τόπου αναγνώρισης, η οποία μπορεί να επηρεαστεί από τη δομή και τις τροποποιήσεις του DNA.

Επομένως, η χρήση του σωστού ενζύμου περιορισμού για μια συγκεκριμένη αλληλουχία DNA απαιτεί προσεκτική εξέταση και γνώση της θέσης αναγνώρισης του ενζύμου, της ευαισθησίας της μεθυλίωσης και των χαρακτηριστικών του στόχου DNA.