Οι βιοχημικοί αναλυτές χρησιμοποιούν ομοιότητες σε ό, τι ως αποδεικτικά στοιχεία για τις εξελικτικές σχέσεις;
* πρωτεΐνες: Οι αλληλουχίες αμινοξέων των πρωτεϊνών αποτελούν πρωταρχική εστίαση. Οι στενά συνδεδεμένοι οργανισμοί θα έχουν πολύ παρόμοιες πρωτεϊνικές αλληλουχίες, ενώ οι πιο απομακρυσμένοι σχετικοί οργανισμοί θα έχουν περισσότερες διαφορές.
* DNA: Οι αλληλουχίες νουκλεοτιδίων του DNA χρησιμοποιούνται επίσης για τον προσδιορισμό των εξελικτικών σχέσεων. Και πάλι, οι στενά συνδεδεμένοι οργανισμοί θα έχουν πολύ παρόμοιες αλληλουχίες DNA, ενώ οι πιο μακρινοί σχετικοί οργανισμοί θα έχουν περισσότερες διαφορές.
* RNA: Παρόμοια με το DNA, οι αλληλουχίες RNA χρησιμοποιούνται για τη δημιουργία σχέσεων, ειδικά στη μελέτη της εξέλιξης συγκεκριμένων γονιδίων και των λειτουργιών τους.
* Μεταβολικές οδούς: Τα ένζυμα και οι αντιδράσεις που εμπλέκονται σε μεταβολικές οδούς συγκρίνονται επίσης. Οι ομοιότητες σε αυτές τις οδούς μπορούν να υποδηλώνουν κοινή καταγωγή.
Συγκρίνοντας αυτά τα βιομόρια σε διαφορετικά είδη, οι αναλυτές μπορούν να ανακατασκευάσουν τις εξελικτικές σχέσεις και να δημιουργήσουν φυλογενετικά δέντρα που απεικονίζουν το ιστορικό διακλάδωσης της ζωής.
για παράδειγμα:
* Η πρωτεΐνη του κυτοχρώματος C, που εμπλέκεται στην κυτταρική αναπνοή, δείχνει εξαιρετικά συνεπείς ομοιότητες σε ένα ευρύ φάσμα οργανισμών, υποδηλώνοντας έναν κοινό πρόγονο.
* Η παρουσία παρόμοιων αλληλουχιών ριβοσωμικού RNA σε όλους τους ζωντανούς οργανισμούς παρέχει ισχυρές ενδείξεις για έναν καθολικό πρόγονο.
Όσο πιο παρόμοια είναι τα βιομόρια είναι μεταξύ δύο ειδών, τόσο πιο στενά είναι εξελικτικά. Αυτή η αρχή είναι το θεμέλιο της μοριακής εξέλιξης, η οποία χρησιμοποιεί βιοχημικά δεδομένα για να κατανοήσει την ιστορία της ζωής στη γη.