Γιατί είναι δύσκολο να ταξινομηθούν τα βακτηρίδια και η αρχαία κάτω από το επίπεδο των ειδών;
1. Έλλειψη καθολικού ορισμού των ειδών:
* Έννοια βιολογικών ειδών: Αυτή η έννοια, η οποία βασίζεται στην αναπαραγωγική απομόνωση, είναι σε μεγάλο βαθμό άσχετη για τα βακτήρια και την αρχαία. Αναπαράγουν ασεξικά και μπορούν να ανταλλάξουν γενετικά υλικά οριζόντια, καθιστώντας δύσκολη την καθορισμό των ξεχωριστών ειδών που βασίζονται στην αναπαραγωγική απομόνωση.
* Μορφολογικά είδη έννοια: Ενώ ορισμένα βακτήρια και αρχαία έχουν ξεχωριστές μορφολογίες (σχήματα), πολλά είναι αξιοσημείωτα παρόμοια, καθιστώντας τη μορφολογική ταυτοποίηση αναξιόπιστη.
2. Υψηλή οριζόντια μεταφορά γονιδίων:
* Τα βακτήρια και οι αρχαίοι συχνά ανταλλάσσουν γενετικό υλικό μέσω διεργασιών όπως η σύζευξη, ο μετασχηματισμός και η μεταγωγή. Αυτή η οριζόντια μεταφορά γονιδίων μπορεί να θολώσει τις γραμμές μεταξύ των ειδών, καθώς τα γονίδια μπορούν να αντικατασταθούν μεταξύ μη σχετιζόμενων οργανισμών.
3. Ταχεία εξέλιξη:
* Τα βακτηρίδια και οι αρχαίοι εξελίσσονται πολύ γρήγορα λόγω των σύντομων χρόνων γενιάς τους και των υψηλών ρυθμών μετάλλαξης. Αυτή η ταχεία εξέλιξη καθιστά δύσκολη τη δημιουργία σταθερών και σαφείς διακρίσεις μεταξύ των ειδών.
4. Περιορισμένη φαινοτυπική ποικιλομορφία:
* Πολλά βακτήρια και αρχαίοι μοιράζονται παρόμοια μεταβολικά μονοπάτια και φυσιολογικά χαρακτηριστικά, καθιστώντας δύσκολη τη διαφοροποίηση τους με βάση τα παρατηρήσιμα χαρακτηριστικά.
5. Δυσκολίες στην καλλιέργεια:
* Ένα μεγάλο ποσοστό βακτηρίων και αρχαίων δεν μπορεί να καλλιεργηθεί στο εργαστήριο. Αυτό καθιστά δύσκολο να μελετήσουν τη φυσιολογία, τη γενετική και τις αλληλεπιδράσεις τους με το περιβάλλον τους, παρεμποδίζοντας τις προσπάθειες ταξινόμησης.
6. Γονιδιωματική παραλλαγή μέσα σε ένα "είδος":
* Ακόμη και μέσα σε ένα ενιαίο "είδος", μπορεί να υπάρξει σημαντική γονιδιωματική παραλλαγή, καθιστώντας την πρόκληση να καθοριστεί μια σαφής αποκοπή για αυτό που συνιστά ένα ξεχωριστό είδος.
7. Συνεχιζόμενη έρευνα και μεταβαλλόμενες ταξινομήσεις:
* Η ταξινόμηση των βακτηρίων και της αρχαιότητας εξελίσσεται συνεχώς καθώς η νέα έρευνα παρέχει πληροφορίες για την ποικιλομορφία και τις σχέσεις τους. Οι νέες τεχνολογίες όπως η αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος επανάσταση στο πεδίο, οδηγώντας σε αναθεωρήσεις στις υπάρχουσες ταξινομήσεις.
Αντί να βασίζονται αποκλειστικά στο επίπεδο των ειδών, οι επιστήμονες χρησιμοποιούν συχνά:
* Φυλογενετικές ταξινομήσεις: Με βάση τις εξελικτικές σχέσεις, που συχνά καθορίζονται συγκρίνοντας τις αλληλουχίες ριβοσωμικού RNA.
* Λειτουργικές ταξινομικές μονάδες (OTUS): Ομαδοποιώντας τους οργανισμούς που βασίζονται σε κοινά γενετικά χαρακτηριστικά για οικολογικές μελέτες.
* Επίπεδο στέλεχος: Εστιάζοντας σε συγκεκριμένα στελέχη με μοναδικά γενετικά ή φαινοτυπικά χαρακτηριστικά μέσα σε ένα είδος.
Συνολικά, η ταξινόμηση των βακτηρίων και της αρχαιότητας είναι μια πολύπλοκη και συνεχής διαδικασία. Δεν υπάρχει ενιαία "καλύτερη" μέθοδος και η χρήση πολλαπλών προσεγγίσεων είναι συχνά απαραίτητη για την κατανόηση της συντριπτικής ποικιλομορφίας αυτών των μικροοργανισμών.
