Εξερευνώντας τη μοριακή βάση του τρόπου με τον οποίο η πραντιμικίνη Α δεσμεύεται με τον ιικό Ν-γλυκάνη, έναν πιθανό αναστολέα εισόδου SARS-COV-2
Περίληψη:
Η συνεχιζόμενη πανδημία Covid-19 που προκαλείται από τον ιό SARS-COV-2 έχει δημιουργήσει επείγουσα ανάγκη για αποτελεσματικές θεραπευτικές παρεμβάσεις. Η πραντιμικίνη Α, ένα φυσικό προϊόν που απομονώθηκε από το Streptomyces, έχει δείξει υποσχόμενη αντιιική δράση έναντι διαφόρων περιβληθέντων ιών, συμπεριλαμβανομένου του SARS-CoV-2, στοχεύοντας στην ιική Ν-γλυκάνη. Ωστόσο, οι μοριακές λεπτομέρειες του τρόπου με τον οποίο η πραντιμικίνη Α αλληλεπιδρά με την Ν-γλυκάνη και αναστέλλει την είσοδο του ιού παραμένει ασαφής. Πραγματοποιήσαμε πειράματα μοριακής σύνδεσης, μοριακής δυναμικής και πειράματα συντονισμού επιφανειακού πλασμονίου (SPR) για να διερευνήσουμε τη μοριακή βάση της δέσμευσης της πραντιμικίνης με το SARS-Cov-2 Ν-γλυκάνη. Τα αποτελέσματά μας υποδεικνύουν ότι η πραντιμικίνη Α σχηματίζει σταθερά σύμπλοκα με τη Ν-γλυκάνη μέσω δεσμού υδρογόνου, ηλεκτροστατικών αλληλεπιδράσεων και υδρόφοβων επαφών. Συγκεκριμένα, η 2,6-διαμινογλυκόζη και η 3,4,6-τριϋδροξυφαινυλιά των πραδιμικίνης ενός σημαντικού ρόλου στη δέσμευση με το Ν-γλυκάνιο. Επιπλέον, τα πειράματα SPR επιβεβαίωσαν την άμεση αλληλεπίδραση μεταξύ της πραντιμικίνης Α και της Ν-γλυκάνης. Συνολικά, η μελέτη μας παρέχει πληροφορίες σχετικά με τους μοριακούς μηχανισμούς που αποτελούν τη βάση της αντιιικής δραστικότητας της πραντιμικίνης Α και υπογραμμίζει το δυναμικό της ως μολύβδου για την ανάπτυξη νέων αναστολέων εισόδου SARS-COV-2.
