Η συστηματική θέση του Archeopteryx αμφισβητήθηκε;
Ένα από τα κύρια επιχειρήματα ενάντια στην παραδοσιακή άποψη του _archaeopteryx_ ως άμεσο πρόγονο των πτηνών είναι το γεγονός ότι στερείται ορισμένα από τα βασικά χαρακτηριστικά που είναι χαρακτηριστικά των σύγχρονων πτηνών. Για παράδειγμα, το _archaeopteryx_ έχει μια μακρά, οστική ουρά, ενώ τα σύγχρονα πουλιά έχουν σύντομες, pygostyle ουρές. Το _archaeopteryx_ έχει επίσης τρία δάχτυλα σε κάθε πτέρυγα, ενώ τα σύγχρονα πουλιά έχουν μόνο δύο.
Ένα άλλο επιχείρημα ενάντια στην παραδοσιακή άποψη του _archaeopteryx_ είναι το γεγονός ότι έχει βρεθεί στον ίδιο γεωλογικό σχηματισμό με το _compsognathus_, έναν μικρό, σαρκοφάγο δεινόσαυρο που δεν σχετίζεται στενά με τα πουλιά. Αυτό υποδηλώνει ότι το _archaeopteryx_ μπορεί να έχει ζήσει παράλληλα με τους δεινοσαύρους, αντί να είναι άμεσος πρόγονος των πτηνών.
Παρά τις προκλήσεις αυτές, η συστηματική θέση του _archaeopteryx_ παραμένει θέμα συζήτησης. Μερικοί επιστήμονες εξακολουθούν να πιστεύουν ότι το _archaeopteryx_ είναι ένα μεταβατικό απολιθωμένο μεταξύ των δεινοσαύρων και των πτηνών, ενώ άλλοι πιστεύουν ότι είναι στενός συγγενής των δεινοσαύρων _deinonychus_ και _velociraptor_. Απαιτούνται περαιτέρω έρευνες για την επίλυση αυτής της συζήτησης.