Πώς οι πρωτεΐνες δεσμεύουν το «κρυμμένο» DNA
1. Κάμψη DNA: Οι πρωτεΐνες μπορούν να προκαλέσουν κάμψεις στη διπλή έλικα DNA, η οποία μπορεί να εκθέσει κρυμμένες αλληλουχίες DNA. Αυτό μπορεί να επιτευχθεί με πρωτεΐνες που δεσμεύονται με συγκεκριμένες αλληλουχίες DNA και προκαλούν μια μεταβολή διαμόρφωσης στη δομή του DNA ή από πρωτεΐνες που δεσμεύονται με τη ραχοκοκαλιά του DNA και προκαλούν κάμψη στο DNA χωρίς εξειδίκευση αλληλουχίας.
2. DNA Looping: Οι πρωτεΐνες μπορούν να φέρουν μακρινές αλληλουχίες ϋΝΑ σε στενή εγγύτητα με το βρόχο του DNA. Αυτό μπορεί να επιτευχθεί με πρωτεΐνες που δεσμεύονται σε δύο διαφορετικές αλληλουχίες DNA και τις φέρνουν μαζί ή από πρωτεΐνες που δεσμεύονται σε μία μόνο αλληλουχία DNA και προκαλούν βρόχο στο DNA.
3. Μήπως DNA: Οι πρωτεΐνες μπορούν να λιώσουν τη διπλή έλικα DNA, η οποία μπορεί να εκθέσει κρυμμένες αλληλουχίες DNA. Αυτό μπορεί να επιτευχθεί με πρωτεΐνες που δεσμεύονται με συγκεκριμένες αλληλουχίες ϋΝΑ και διαταράσσουν τους δεσμούς υδρογόνου μεταξύ των ζεύγους βάσης DNA ή από τις πρωτεΐνες που συνδέονται με τη σπονδυλική στήλη DNA και προκαλούν μια μεταβολή διαμόρφωσης στη δομή του DNA που οδηγεί σε τήξη.
4. Ξεθαρίστε το DNA: Οι πρωτεΐνες μπορούν να χαλαρώσουν τη διπλή έλικα DNA, η οποία μπορεί να εκθέσει κρυμμένες αλληλουχίες DNA. Αυτό μπορεί να επιτευχθεί με πρωτεΐνες που συνδέονται με συγκεκριμένες αλληλουχίες DNA και χαλαρώνουν το DNA με τρόπο ειδικό για την αλληλουχία ή από πρωτεΐνες που συνδέονται με τη ραχοκοκαλιά του DNA και προκαλούν μια μεταβολή διαμόρφωσης στη δομή του DNA που οδηγεί σε χαλαρή.
5. Άλλοι μηχανισμοί: Εκτός από αυτούς τους μηχανισμούς, οι πρωτεΐνες μπορούν επίσης να δεσμεύονται με κρυμμένες αλληλουχίες DNA από άλλους μηχανισμούς, όπως με παρεμβολή μεταξύ ζευγών βάσεων DNA, με τη δέσμευση με τροποποιήσεις του DNA ή με αλληλεπίδραση με άλλες πρωτεΐνες που συνδέονται με το DNA.
Ο συγκεκριμένος μηχανισμός με τον οποίο μια πρωτεΐνη δεσμεύεται με το κρυμμένο DNA εξαρτάται από τη δομή και τη λειτουργία της πρωτεΐνης, καθώς και από την αλληλουχία και τη δομή του DNA.
