Όταν ανακαλυφθεί ένας νέος οργανισμός, ταξινομείται με βάση:

Μορφολογικά χαρακτηριστικά: Αρχικά, οι πρόσφατα ανακαλυφθέντες οργανισμοί ταξινομούνται με βάση τα μορφολογικά τους χαρακτηριστικά, όπως τα φυσικά χαρακτηριστικά, οι δομές και η συνολική εμφάνιση. Οι επιστήμονες εξετάζουν διάφορες πτυχές όπως το μέγεθος, το σχήμα, ο χρωματισμός, η δομή του σώματος, τα εξαρτήματα και τα μοναδικά χαρακτηριστικά. Η μορφολογική ταξινόμηση χρησιμεύει ως προκαταρκτικό βήμα στην κατανόηση των γενικών χαρακτηριστικών του οργανισμού και στον εντοπισμό ομοιότητας με τα γνωστά είδη.

Μοριακή ανάλυση: Οι εξελίξεις στη μοριακή βιολογία έχουν κάνει την αλληλουχία του DNA ένα ζωτικό εργαλείο στη σύγχρονη ταξινόμηση. Οι επιστήμονες εξάγουν το DNA από τον οργανισμό και αναλύουν το γενετικό του υλικό. Συγκρίνοντας τις αλληλουχίες DNA με εκείνες των γνωστών οργανισμών, μπορούν να καθορίσουν τη γενετική συγγένεια και τις εξελικτικές σχέσεις. Η ανάλυση του DNA επιτρέπει την ακριβέστερη ταξινόμηση και βοηθά στον εντοπισμό νέων ειδών ακόμη και αν έχουν παρόμοιες μορφολογίες.

Βιοχημική ανάλυση: Τα βιοχημικά χαρακτηριστικά, όπως η παρουσία συγκεκριμένων πρωτεϊνών, ενζύμων ή άλλων βιοχημικών δεικτών, μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για ταξινόμηση. Αυτοί οι δείκτες μπορούν να παρέχουν πληροφορίες για το μεταβολισμό, τη φυσιολογία και τη γενετική σύνθεση του οργανισμού. Η βιοχημική ανάλυση συμπληρώνει μορφολογικά και μοριακά δεδομένα, προσφέροντας μια ολοκληρωμένη κατανόηση των βιολογικών χαρακτηριστικών του οργανισμού.

Οικολογικά και συμπεριφορικά δεδομένα: Οι πληροφορίες σχετικά με το βιότοπο του οργανισμού, τις οικολογικές αλληλεπιδράσεις, τη συμπεριφορά και τον κύκλο ζωής μπορούν να συμβάλουν στην ταξινόμησή του. Μελετώντας όπου ζει ένας οργανισμός, οι αλληλεπιδράσεις του με άλλα είδη και οι μοναδικές του συμπεριφορές μπορούν να αποκαλύψουν σημαντικές ενδείξεις για την εξελικτική ιστορία και τις σχέσεις του με άλλους οργανισμούς.

Παλαιοντολογικά στοιχεία: Στην περίπτωση εξαφανισμένων οργανισμών, τα παλαιοντολογικά δεδομένα, όπως τα ορυκτά αρχεία, μπορούν να παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες για την ταξινόμηση. Με την εξέταση απολιθωμένων υπολειμμάτων, οι επιστήμονες μπορούν να αποκτήσουν γνώσεις σχετικά με τη μορφολογία, την ανατομία και τις εξελικτικές σχέσεις του οργανισμού, βοηθώντας να την τοποθετήσουν στο ευρύτερο πλαίσιο του δέντρου της ζωής.

Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι τα συστήματα ταξινόμησης είναι δυναμικά και συνεχώς εξελίσσονται καθώς γίνονται νέες πληροφορίες και ανακαλύψεις. Οι επιστήμονες χρησιμοποιούν ένα συνδυασμό αυτών των κριτηρίων και ενσωματώνουν διάφορες γραμμές αποδεικτικών στοιχείων για να εκχωρήσουν έναν νεοαποκτηθέντα οργανισμό στην καταλληλότερη ταξινομική ομάδα και να καθορίσουν τις εξελικτικές σχέσεις του με τα υπάρχοντα είδη.