Ποια υλικά χρησιμοποιούν συνήθως οι επιστήμονες κατά την εξαγωγή DNA;
Βασικά Υλικά:
* buffer: Αυτά είναι διαλύματα που διατηρούν το ρΗ του μείγματος εκχύλισης και συχνά περιέχουν άλατα που βοηθούν στο σπάσιμο ανοικτών κυττάρων και την προστασία του DNA. Τα κοινά buffers περιλαμβάνουν Tris-HCl, EDTA και δωδεκυλοθειικό νάτριο (SDS).
* απορρυπαντικά: Αυτά διασπά τις κυτταρικές μεμβράνες για να απελευθερώσουν το DNA. Τα κοινά απορρυπαντικά περιλαμβάνουν SDS και Triton Χ-100.
* ένζυμα:
* πρωτεάσες: Αυτές διασπούν πρωτεΐνες που συνδέονται με το DNA. Οι κοινές πρωτεάσες περιλαμβάνουν πρωτεϊνάση Κ και θρυψίνη.
* RNases: Αυτά διαλύουν το RNA, το οποίο μπορεί να μολύνει δείγματα DNA.
* αιθανόλη ή ισοπροπανόλη: Αυτά χρησιμοποιούνται για να καταβυθιστούν το DNA εκτός διαλύματος.
* αλάτι: Χρησιμοποιείται για την προώθηση της βροχόπτωσης του DNA.
* νερό: Χρησιμοποιείται για την επανυδάτωση και τη διάλυση του DNA.
Πρόσθετα υλικά για συγκεκριμένες μεθόδους:
* φαινόλη-χλωροφόρμιο: Αυτό το μείγμα χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό του DNA από άλλα κυτταρικά συστατικά.
* Μαγνητικά σφαιρίδια: Αυτά χρησιμοποιούνται σε μεθόδους εκχύλισης DNA με βάση το μαγνητικό σφαιρίδιο.
* Στήλες περιστροφής: Αυτά χρησιμοποιούνται σε μεθόδους εκχύλισης DNA με βάση τη στήλη, όπου το DNA διαχωρίζεται από άλλα κυτταρικά συστατικά κατά μέγεθος ή φόρτιση.
* κιτ: Υπάρχουν πολλά εμπορικά κιτ εκχύλισης DNA, τα οποία απλοποιούν τη διαδικασία και παρέχουν βελτιστοποιημένα αντιδραστήρια για συγκεκριμένες εφαρμογές.
Παράδειγμα τυπικού πρωτοκόλλου εκχύλισης DNA:
1. Προετοιμασία δείγματος: Το αρχικό υλικό (π.χ. αίμα, ιστός, φυτά) συλλέγεται και προετοιμάζεται για λύση.
2. Λύση κυττάρων: Τα κύτταρα είναι σπασμένα ανοιχτά χρησιμοποιώντας ένα ρυθμιστικό λύσης που περιέχει απορρυπαντικά και ένζυμα.
3. Απομάκρυνση πρωτεΐνης: Προστίθενται πρωτεάσες για να διασπαστούν οι πρωτεΐνες που συνδέονται με το DNA.
4. Αφαίρεση RNA: Οι RNases προστίθενται για να σπάσουν το RNA.
5. Κατοικίες DNA: Η αιθανόλη ή η ισοπροπανόλη προστίθεται για να κατακρημνίσει το DNA εκτός διαλύματος.
6. Πλύσιμο DNA: Το κατακρημνισμένο ϋΝΑ πλένεται με αιθανόλη ή ισοπροπανόλη για την απομάκρυνση τυχόν παραμένουσες ακαθαρσίες.
7. Το DNA επανυδατώνεται σε ρυθμιστικό ή νερό.
Είναι σημαντικό να σημειώσετε:
* Τα συγκεκριμένα υλικά και οι τεχνικές που χρησιμοποιούνται θα ποικίλλουν ανάλογα με τον τύπο του δείγματος και την προβλεπόμενη εφαρμογή.
* Η επιλογή της σωστής μεθόδου είναι απαραίτητη για να εξασφαλιστεί η ποιότητα και η ποσότητα του ϋΝΑ που εξάγεται.
* Οι προφυλάξεις ασφαλείας πρέπει πάντα να ακολουθούνται όταν εργάζονται με χημικά και βιολογικά υλικά.
Αυτή είναι μια γενική επισκόπηση των υλικών εκχύλισης DNA. Οι συγκεκριμένες λεπτομέρειες σχετικά με τη διαδικασία μπορεί να ποικίλουν ανάλογα με το εργαστήριο και τον τύπο του DNA που εξάγεται.
