Τι μπορεί να είναι διαφορετικό για να πάρει DNA από βακτήρια ή ζώα από ό, τι φυτεύουν;
1. Δομή κυτταρικού τοιχώματος:
* βακτήρια: Έχετε ένα άκαμπτο κυτταρικό τοίχωμα πεπτιδογλυκάνης, το οποίο μπορεί να είναι δύσκολο να σπάσει. Αυτό απαιτεί συγκεκριμένες μεθόδους όπως η ενζυματική πέψη ή η σωματική διαταραχή με σφαιρίδια.
* Φυτά: Έχουν επίσης κυτταρικά τοιχώματα, αλλά κατασκευασμένα από κυτταρίνη και άλλους πολυσακχαρίτες, οι οποίοι είναι πιο δύσκολο να σπάσουν. Αυτό απαιτεί ισχυρές χημικές θεραπείες όπως απορρυπαντικά και ένζυμα.
* ζώα: Δεν υπάρχουν κυτταρικά τοιχώματα, καθιστώντας την εκχύλιση DNA σχετικά ευκολότερη.
2. Τοποθεσία DNA:
* βακτήρια: Το DNA βρίσκεται σε μια νουκλεοειδή περιοχή, που δεν περικλείεται σε πυρήνα.
* Φυτά: Το DNA περικλείεται σε έναν πυρήνα, αλλά και υπάρχει σε οργανίδια όπως χλωροπλάστες και μιτοχόνδρια.
* ζώα: Το DNA είναι κατά κύριο λόγο στον πυρήνα.
3. Contamination:
* Φυτά: Μπορεί να περιέχει υψηλά επίπεδα πολυσακχαριτών και πολυφαινόλων που μπορούν να παρεμβαίνουν στην εκχύλιση DNA και στις κατάντη εφαρμογές.
* ζώα: Μπορεί να μολυνθεί με RNA, το οποίο μπορεί να αφαιρεθεί μέσω ενζυματικής πέψης.
* βακτήρια: Μπορούν να μολυνθούν με λιποπολυσακχαρίτες, οι οποίοι μπορούν να παρεμβαίνουν σε εφαρμογές κατάντη.
4. Τύποι δείγματος:
* βακτήρια: Μπορεί να καλλιεργηθεί σε υγρά ή στερεά μέσα, καθιστώντας εύκολη την απόκτηση μεγάλων ποσοτήτων κυττάρων.
* Φυτά: Μπορεί να ληφθεί από διάφορους ιστούς όπως φύλλα, λουλούδια ή ρίζες. Διαφορετικοί ιστοί μπορούν να αποδώσουν ποικίλη ποιότητα και ποσότητα DNA.
* ζώα: Μπορεί να ληφθεί από δείγματα αίματος, ιστού ή σάλιο, με ποικίλη πολυπλοκότητα ανάλογα με την πηγή.
5. Συνολική διαδικασία:
* βακτήρια: Η εκχύλιση περιλαμβάνει τη λύση των κυττάρων, τον διαχωρισμό του DNA και τον καθαρισμό του από τα κυτταρικά υπολείμματα.
* Φυτά: Η εκχύλιση περιλαμβάνει τη διάσπαση του κυτταρικού τοιχώματος, τον καθαρισμό του DNA από άλλα κυτταρικά συστατικά και την αφαίρεση των μολυσματικών ουσιών.
* ζώα: Η εκχύλιση περιλαμβάνει την λύση των κυττάρων, τον διαχωρισμό του DNA από πρωτεΐνες και άλλα κυτταρικά συστατικά και τον καθαρισμό του DNA.
Ειδικές σκέψεις:
* βακτήρια: Απαιτούνται ειδικές μέθοδοι λύσης για να σπάσει το κυτταρικό τοίχωμα πεπτιδογλυκάνης.
* Φυτά: Additional steps like RNase treatment and polyphenol removal are often necessary.
* ζώα: Τα δείγματα θα πρέπει να συλλέγονται κατά τρόπο που ελαχιστοποιεί την υποβάθμιση, όπως η χρήση εξειδικευμένων σωλήνων συλλογής αίματος.
Συνολικά, η διαδικασία εξαγωγής DNA είναι θεμελιωδώς παρόμοια μεταξύ των οργανισμών, αλλά οι συγκεκριμένες μέθοδοι και τα βήματα που εμπλέκονται μπορεί να ποικίλουν σημαντικά λόγω των διαφορών στην κυτταρική δομή τους, στη θέση του DNA και στους πιθανούς μολυσματικούς παράγοντες.
