Ποια είναι η λειτουργία του υγρού απορρυπαντικού στην απομόνωση DNA;
Η κυτταρική λύση:Το SDS, ένα ανιονικό απορρυπαντικό, διαταράσσει τη φωσφολιπιδική διπλή στιλβωτική των κυτταρικών μεμβρανών αλληλεπιδρώντας με τις υδρόφοβες ουρές των φωσφολιπιδίων. Αυτή η αλληλεπίδραση οδηγεί στην αποσύνθεση της μεμβράνης, προκαλώντας το κύτταρο να ανοίξει και να απελευθερώσει το περιεχόμενό του.
Διαλυτοποίηση των κυτταρικών συστατικών:Μετά από λύση κυττάρων, το SDS βοηθά στη διαλυτοποίηση και τη διατήρηση της διαλυτότητας διαφόρων κυτταρικών συστατικών, συμπεριλαμβανομένων των πρωτεϊνών και των λιπιδίων, μετουσίωση τους και εμποδίζοντας τους από τη συσσωμάτωση. Αυτό εξασφαλίζει ότι το DNA παραμένει προσβάσιμο και διευκολύνει τα επακόλουθα βήματα της διαδικασίας απομόνωσης.
Πρωτεϊνική μετουσίωση:Το SDS έχει την ικανότητα να μετουνών πρωτεϊνών, η οποία είναι ζωτικής σημασίας για την απομόνωση του DNA. Οι πρωτεΐνες συνδέονται σφιχτά με το DNA και μπορούν να εμποδίσουν την εκχύλισή του. Με την μετουσίωση των πρωτεϊνών, το SDS διαταράσσει αυτές τις αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-ϋΝΑ, επιτρέποντας τον αποτελεσματικό διαχωρισμό του DNA από άλλα κυτταρικά συστατικά.
Προσβασιμότητα DNA:Η μετουσίωση των πρωτεϊνών εκθέτει επίσης τα μόρια DNA, καθιστώντας τα πιο προσιτά σε ένζυμα και αντιδραστήρια που χρησιμοποιούνται σε επόμενα βήματα του πρωτοκόλλου απομόνωσης DNA.
Σύμπλοκα SDS-πρωτεΐνης:Τα SDS σχηματίζουν μικκύλια, τα οποία είναι σφαιρικές δομές με υδρόφοβο εσωτερικό και υδρόφιλο εξωτερικό. Οι μετουσιωμένες πρωτεΐνες δεσμεύονται στις υδρόφοβες περιοχές των μικκυλίων SDS, σχηματίζοντας σύμπλοκα που τα κρατούν σε διάλυμα και αποτρέπουν την παρεμβολή τους στον καθαρισμό του DNA.
Κατοίκους νουκλεϊκού οξέος:Σε ορισμένες μέθοδοι απομόνωσης DNA, όπως η μέθοδος CTAB (Cetyl Trimedhylmenium Bromide), τα SDs μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ενίσχυση της κατακρήμνισης των νουκλεϊνικών οξέων. Σχηματίζει σύμπλοκα με CTAB, τα οποία με τη σειρά τους συνδέονται με την αρνητική φορτισμένη ραχοκοκαλιά DNA, προωθώντας το σχηματισμό πυκνών αποζημιώσεων νουκλεϊκού οξέος που μπορούν εύκολα να σφηνωθούν με φυγοκέντρηση.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι το SDS μπορεί να αναστέλλει τη δραστικότητα ορισμένων ενζύμων, όπως τα ένζυμα περιορισμού, έτσι ώστε η συγκέντρωσή του και η διάρκεια της έκθεσης στο DNA να ελέγχονται προσεκτικά κατά τη διάρκεια της διαδικασίας απομόνωσης DNA για την πρόληψη της αποικοδόμησης του DNA.
