Είναι πιο πιθανό το TRP ή το GLN σε επιφάνειες πρωτεΐνης;
Εδώ είναι γιατί:
* υδροφοβικότητα: Το TRP είναι ένα εξαιρετικά υδρόφοβο αμινοξύ, που σημαίνει ότι απωθεί το νερό. Είναι πιο πιθανό να ταφεί μέσα στον πυρήνα μιας πρωτεΐνης, μακριά από το υδατικό περιβάλλον.
* πολικότητα: Το Gln είναι πολικό και μπορεί να σχηματίσει δεσμούς υδρογόνου με μόρια νερού. Αυτό το καθιστά πιο συμβατό με το υδρόφιλο περιβάλλον της επιφάνειας της πρωτεΐνης.
* Μέγεθος: Το TRP είναι ένα μεγάλο αμινοξύ με μια ογκώδη πλευρική αλυσίδα, καθιστώντας το λιγότερο κατάλληλο για επιφανειακή έκθεση. Ο Gln, από την άλλη πλευρά, έχει μια μικρότερη πλευρική αλυσίδα που μπορεί να φιλοξενήσει πιο εύκολα τις επιφανειακές αλληλεπιδράσεις.
Εξαιρέσεις:
Ενώ το GLN είναι γενικά πιο εκτεθειμένο από το TRP, υπάρχουν εξαιρέσεις:
* Ειδικές δομές πρωτεΐνης: Ορισμένες πρωτεΐνες μπορεί να έχουν συγκεκριμένες δομικές απαιτήσεις που απαιτούν την παρουσία TRP στην επιφάνεια.
* Λειτουργικοί ρόλοι: Τα υπολείμματα TRP μπορούν μερικές φορές να εμπλέκονται στη λειτουργία πρωτεΐνης και επομένως μπορεί να βρεθούν στην επιφάνεια, όπως σε αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-πρωτεΐνης ή θέσεις δέσμευσης.
Συνοπτικά:
Ο γενικός κανόνας είναι ότι το TRP είναι πιο πιθανό να ταφεί μέσα σε ένα εσωτερικό της πρωτεΐνης, ενώ το GLN είναι πιο πιθανό να βρεθεί στην επιφάνεια λόγω της υδρόφιλης φύσης και του μικρότερου μεγέθους. Ωστόσο, υπάρχουν εξαιρέσεις σε αυτόν τον κανόνα, ανάλογα με τη συγκεκριμένη πρωτεΐνη και τις λειτουργικές του απαιτήσεις.
