Τι εξάγεται από κύτταρα για τεχνολογία μικροσυστοιχίας DNA;
Εδώ είναι γιατί:
* Τα μικροσυστοιχίες DNA επικεντρώνονται στην έκφραση γονιδίων: Οι μικροσυστοιχίες DNA έχουν σχεδιαστεί για να μετρούν τα επίπεδα έκφρασης των χιλιάδων γονιδίων ταυτόχρονα. Η γονιδιακή έκφραση είναι η διαδικασία μετατροπής των γενετικών πληροφοριών (DNA) σε λειτουργικές πρωτεΐνες και αυτή η διαδικασία ρυθμίζεται κυρίως στο επίπεδο RNA.
* Το RNA αντιπροσωπεύει τη γονιδιακή δραστηριότητα: Η ποσότητα του RNA που μεταγράφεται από ένα γονίδιο είναι άμεσα ανάλογη προς το επίπεδο της έκφρασής του. Με την ανάλυση των επιπέδων RNA, μπορούμε να συμπεράνουμε ποια γονίδια χρησιμοποιούνται ενεργά σε κύτταρο ή ιστό.
* Απομόνωση και επεξεργασία του RNA: Τα κύτταρα είναι σπασμένα ανοικτά (λύματα) για να απελευθερώνουν το περιεχόμενό τους και το RNA απομονώνεται χρησιμοποιώντας συγκεκριμένες τεχνικές που το καθαρίζουν από άλλα κυτταρικά συστατικά. Το RNA στη συνέχεια μετατρέπεται σε συμπληρωματικό DNA (cDNA) μέσω αντίστροφης μεταγραφής.
* υβριδοποίηση στο microarray: Το cDNA επισημαίνεται με φθορίζουσα βαφή και εφαρμόζεται στη διαφάνεια μικροσυστοιχίας. Αυτή η διαφάνεια περιέχει χιλιάδες μικροσκοπικά σημεία, το καθένα που περιέχει μια συγκεκριμένη ακολουθία DNA (ανιχνευτής) που αντιπροσωπεύει ένα μοναδικό γονίδιο. Το cDNA δεσμεύεται στους ανιχνευτές με βάση τη συμπληρωματική αντιστοίχιση βάσης. Η ένταση του φθορισμού σε κάθε σημείο αντικατοπτρίζει την ποσότητα του cDNA (και επομένως RNA) που υπάρχει για αυτό το συγκεκριμένο γονίδιο, παρέχοντας ένα μέτρο του επιπέδου έκφρασης του.
Ενώ το DNA είναι η βάση των ανιχνευτών στο microarray, το πραγματικό υλικό που εξάγεται από κύτταρα για ανάλυση είναι RNA.
