Ποια είναι η λειτουργία του οξικού νατρίου στην απομόνωση DNA;
1. Κατοίκηση νουκλεϊνικών οξέων: Το οξικό νάτριο, όταν προστίθεται σε διάλυμα DNA υπό ελεγχόμενες συνθήκες θερμοκρασίας και ρΗ, βοηθά στην καθίζηση νουκλεϊνικών οξέων (τόσο DNA όσο και RNA) από το διάλυμα. Μειώνει τη διαλυτότητα του DNA εξουδετερώνοντας τις αρνητικές φορτίσεις που υπάρχουν στη φωσφορική ραχοκοκαλιά του μορίου DNA. Αυτό επιτρέπει στο DNA να σχηματίζει αδιάλυτα άλατα, τα οποία μπορούν εύκολα να διαχωριστούν από τα άλλα συστατικά του κυτταρικού λύκου.
2. Απομάκρυνση μολυσματικών ουσιών: Τα βοηθήματα οξικού νατρίου στην απομάκρυνση των μολυσματικών ουσιών, όπως οι πρωτεΐνες, τα κυτταρικά υπολείμματα και άλλες ακαθαρσίες, κατά τη διάρκεια της απομόνωσης του DNA. Όταν προστίθενται οξικό νάτριο, αυτές οι μολυσματικές ουσίες παραμένουν σε διάλυμα, ενώ το κατακρημνισμένο DNA μπορεί να συλλεχθεί με φυγοκέντρηση.
3. Έλεγχος pH: Το οξικό νάτριο δρα ως ρυθμιστικό διάλυμα για να διατηρήσει το κατάλληλο ρΗ κατά τη διάρκεια της απομόνωσης του DNA. Το βέλτιστο ρΗ για βροχοπτώσεις DNA είναι συνήθως μεταξύ 5.0 και 5.2. Το οξικό νάτριο βοηθά στη διατήρηση αυτής της περιοχής ρΗ, η οποία είναι ζωτικής σημασίας για την αποτελεσματική βροχόπτωση του DNA.
4. Υψηλή συγκέντρωση άλατος: Η υψηλή συγκέντρωση άλατος που δημιουργείται από οξικό νάτριο στο διάλυμα διευκολύνει τον σχηματισμό συμπλοκών ϋΝΑ-πρωτεΐνης. Αυτά τα σύμπλοκα είναι απαραίτητα για τον αποτελεσματικό διαχωρισμό του DNA από άλλα συστατικά κυττάρων.
5. Βελτιστοποίηση της ανάκτησης DNA: Το οξικό νάτριο συμβάλλει στη βελτιστοποίηση των αποδόσεων ανάκτησης του DNA μειώνοντας τις μη ειδικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ DNA και μολυσματικών ουσιών. Η σωστή συγκέντρωση άλατος βοηθά να διασφαλιστεί ότι το DNA κατακρημνίζεται επιλεκτικά, ελαχιστοποιώντας την απώλεια του DNA κατά τη διάρκεια της διαδικασίας απομόνωσης.
6. Συμβατότητα με τα επόμενα βήματα: Το οξικό νάτριο είναι συμβατό με τα επακόλουθα βήματα στην απομόνωση και τον καθαρισμό του DNA. Το κατακρημνισμένο ϋΝΑ μπορεί εύκολα να πλυθεί, να επανασυνδεθεί σε κατάλληλα buffers και να υποβληθεί σε επεξεργασία περαιτέρω για εφαρμογές κατάντη όπως PCR, ενζυματικές αντιδράσεις ή αλληλουχία.
Συνολικά, το οξικό νάτριο διαδραματίζει ζωτικό ρόλο στην καθίζηση του DNA από κυτταρολύματα κατά τη διάρκεια της απομόνωσης του DNA. Συμβάλλει στον αποτελεσματικό διαχωρισμό του DNA από τις ακαθαρσίες, τη διατήρηση των βέλτιστων συνθηκών του ρΗ και τη διευκόλυνση της κατάντη επεξεργασίας του απομονωμένου DNA.
