Όχι, μια τεταρτογενή δομή δεν είναι πολυπεπτιδική αλληλουχία αμινοξέων. Μια τετραγωνική δομή είναι το υψηλότερο επίπεδο πρωτεϊνικής οργάνωσης και αναφέρεται στη διάταξη πολλαπλών πολυπεπτιδίων αλυσίδων, που ονομάζονται επίσης υπομονάδες, σε ένα λειτουργικό σύμπλεγμα. Περιγράφει τον τρόπο με τον οποίο οι μεμονωμένες υπομονάδες πρωτεΐνης αλληλεπιδρούν μεταξύ τους για να σχηματίσουν μεγαλύτερες, λειτουργικές οντότητες.
Μια πολυπεπτιδική αλληλουχία αμινοξέων, από την άλλη πλευρά, αντιπροσωπεύει την κύρια δομή μιας πρωτεΐνης και αναφέρεται στη γραμμική αλυσίδα αμινοξέων που συνδέονται με πεπτιδικούς δεσμούς.