Πώς σχεδιάζετε μονομερή ενός νουλεϊκού οξέος;
Κατανόηση των στοιχείων
Ένα νουκλεοτίδιο αποτελείται από τρία κύρια μέρη:
1. Αυτό είναι το μέρος που διακρίνει ένα νουκλεοτίδιο από το άλλο. Υπάρχουν πέντε κύριες αζώτες:
* αδενίνη (α) και guanine (g) είναι πουρίνες (δομές διπλού δακτυλίου).
* κυτοσίνη (c) , θυμίνη (t) (βρέθηκε στο DNA) και ουρακίλη (u) (Βρέθηκαν στο RNA) είναι πυριμιδίνες (δομές ενός δακτυλίου).
2. ζάχαρη Pentose: Πρόκειται για ζάχαρη 5 άνθρακα.
* Deoxyribose βρίσκεται στο DNA.
* ριβόζη βρίσκεται στο RNA.
3. Φωσφορική ομάδα: Πρόκειται για μια αρνητικά φορτισμένη ομάδα (po₄³⁻).
Σχέδιο της δομής
1. Ξεκινήστε με τη ζάχαρη Pentose:
* Σχεδιάστε ένα Πεντάγωνο (σχήμα 5 όψεων) για να αντιπροσωπεύετε το δακτύλιο ζάχαρης.
* Αριθμήστε τους Carbons (C1 έως C5). Σημειώστε ότι το C1 είναι όπου συνδέεται η αζώτου βάσης και το C5 είναι όπου συνδέεται η ομάδα φωσφορικών.
* Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε ένα Πεντάγωνο, αλλά μη διστάσετε να σχεδιάσετε μια πιο λεπτομερή δομή δακτυλίου που δείχνει τα άτομα οξυγόνου.
2. Συνδέστε τη βάση αζωτούχων:
* Σχεδιάστε την αζωτούχο βάση που συνδέεται με το C1 της ζάχαρης. Χρησιμοποιήστε τη σωστή δομή (πουρίνη ή πυριμιδίνη) για τη βάση σας.
3. Συνδέστε τη φωσφορική ομάδα:
* Σχεδιάστε μια φωσφορική ομάδα που συνδέεται με το C5 της ζάχαρης. Μπορείτε να το εκπροσωπήσετε ως po₄³⁻ ή να σχεδιάσετε μια πιο λεπτομερή δομή που δείχνει τα άτομα οξυγόνου.
Βασικά σημεία
* δεσμός: Ο δεσμός μεταξύ της βάσης και της ζάχαρης είναι μια *γλυκοσιδική σύνδεση *. Ο δεσμός μεταξύ της ζάχαρης και του φωσφορικού άλατος είναι μια σύνδεση *εστέρα *.
* Αριθμοποίηση: Οι άνθρακες στη ζάχαρη αριθμούνται δεξιόστροφα, ξεκινώντας από το οξυγόνο που είναι μέρος του δακτυλίου και δεν συνδέεται με άνθρακα.
* Εκπροσώπηση: Μπορείτε να επιλέξετε να σχεδιάσετε μια απλοποιημένη αναπαράσταση του νουκλεοτιδίου ή ένα πιο λεπτομερές που δείχνει όλα τα άτομα και τους δεσμούς.
Παράδειγμα:Σχεδίαση μονομερούς DNA (μονοφωσφορική δεοξυαντενοσίνη)
1. Deoxyribose: Σχεδιάστε ένα Πεντάγωνο και επισημάνετε τους Carbons C1 έως C5.
2. αδενίνη: Σχεδιάστε τη δομή αδενίνης που συνδέεται με το C1.
3. Φωσφορική ομάδα: Σχεδιάστε τη φωσφορική ομάδα (PO₄³⁻) που συνδέεται με το C5.
Πρόσθετες πληροφορίες
* Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε ένα πρόγραμμα όπως το Chemdraw ή το Marvinsketch για να σχεδιάσετε πιο ακριβείς και λεπτομερείς δομές.
* Υπάρχουν πολλοί διαθέσιμοι σε απευθείας σύνδεση πόρους που παρουσιάζουν εικόνες και δομικές αναπαραστάσεις νουκλεοτιδίων.
Επιτρέψτε μου να ξέρω αν έχετε κατά νου ένα συγκεκριμένο νουκλεοτίδιο και μπορώ να σας βοηθήσω να σχεδιάσετε τη δομή του!
