Ποιοι χημικοί δεσμοί διαμορφώνουν τη δευτερεύουσα δομή της πρωτεΐνης;
Συγκεκριμένα, οι δεσμοί υδρογόνου σχηματίζονται μεταξύ:
* Το καρβονυλικό οξυγόνο (C =O) ενός αμινοξέος και το αμινο υδρογόνο (Ν-Η) ενός άλλου αμινοξέος , που μπορεί να είναι αρκετά αμινοξέα μακριά στην ακολουθία.
Αυτοί οι δεσμοί υδρογόνου είναι αδύναμοι μεμονωμένα, αλλά το σωρευτικό τους αποτέλεσμα σε μεγάλες εκτάσεις της πολυπεπτιδικής αλυσίδας μπορεί να είναι αρκετά ισχυρή, υπαγορεύοντας το σχηματισμό δύο κοινών δευτερογενών δομών:
* άλφα έλικα: Ένα σπειροειδές σχήμα που σχηματίζεται από δεσμούς υδρογόνου μεταξύ κάθε τέταρτου αμινοξέος.
* φύλλο βήτα: Ένα επίπεδη, πτυχωτό φύλλο που σχηματίζεται από δεσμούς υδρογόνου μεταξύ γειτονικών πολυπεπτιδίων κλώνων.
Ενώ οι δεσμοί υδρογόνου είναι η κύρια δύναμη που διαμορφώνει τη δευτερογενής δομή, άλλες αλληλεπιδράσεις όπως οι υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις μπορούν επίσης να συμβάλουν στη σταθεροποίηση αυτών των δομών.
