Ήταν το μοντέλο Rutherfords ενός ατόμου λανθασμένο ή ελλιπές;
* Δεν μπορούσε να εξηγήσει ατομικά φάσματα: Το μοντέλο του Rutherford δεν μπορούσε να εξηγήσει γιατί τα άτομα εκπέμπουν φως σε συγκεκριμένα μήκη κύματος (ατομικά φάσματα). Αυτό το φαινόμενο πρότεινε ότι τα ηλεκτρόνια στα άτομα περιορίστηκαν σε συγκεκριμένα επίπεδα ενέργειας, τα οποία το μοντέλο του δεν αντιπροσώπευε.
* Δεν αντιπροσώπευε τη σταθερότητα των ατόμων: Σύμφωνα με την κλασσική φυσική, τα ηλεκτρόνια που περιστρέφονται γύρω από τον πυρήνα θα πρέπει να χάσουν ενέργεια συνεχώς και σπείρα στον πυρήνα, προκαλώντας την κατάρρευση των ατόμων. Αυτό σαφώς δεν συνέβη, δηλαδή το μοντέλο του Rutherford δεν μπορούσε να εξηγήσει τη σταθερότητα των ατόμων.
Το μοντέλο του Rutherford, αν και επαναστατικό, άνοιξε το δρόμο για το μοντέλο Bohr, το οποίο αντιμετώπισε αυτά τα ζητήματα εισάγοντας την έννοια των κβαντισμένων επιπέδων ενέργειας για τα ηλεκτρόνια. Ωστόσο, ακόμη και το μοντέλο BOHR είχε περιορισμούς και τελικά έδωσε τη θέση του στο κβαντικό μηχανικό μοντέλο, το οποίο είναι το πιο ακριβές και ολοκληρωμένο μοντέλο του ατόμου που έχουμε σήμερα.
Έτσι, ενώ το μοντέλο του Rutherford ήταν λανθασμένο με την έννοια ότι δεν περιγράφει πλήρως το άτομο, ήταν ένα κρίσιμο βήμα προς την κατανόηση της ατομικής δομής. Ήταν περισσότερο σαν μια ελλιπής εικόνα από μια εντελώς λάθος.